За время сотрудничества Фрэнсис Фармер и Клиффорда Одетса у них начался роман, несмотря на то, что Одетс был женат на Луизе Райнер, и у Фармер был муж. После того как они расстались, а театральная группа выбрала другую актрису для выступлений в Лондоне, Фармер решила, что её предали, а всё предыдущее время просто использовали, чтобы сделать постановку успешной. Фармер вновь вернулась в Голливуд на «Paramount Pictures», где по контракту в течение трёх месяцев каждого года должна была сниматься в кино. В остальное время, свободное от киносъёмок, она продолжала периодически играть в театре, но последующие её два появления на Бродвее не имели большого успеха.

Начиная с 1939 года, из-за её капризного поведения на работе и участившегося алкоголизма, её репутация стала сильно падать. Фармер всё же по-прежнему часто предлагали хорошие роли, но когда дело доходило до съёмок, и актриса проявляла свой нетерпимый характер, продюсеры отказывались от неё. Фрэнсис перестала появляться в главных ролях, а в 1942 Paramount Pictures и вовсе разорвал с ней контракт. Вдобавок ко всему в том же году распался её брак с Лейфом Эриксоном.

Арест и госпитализации

19 октября 1942 года полиция Санта-Моники задержала Фрэнсис Фармер за езду в нетрезвом виде, а также за последовавшее оскорбление правоохранительных органов. Она была на сутки взята под арест, а затем приговорена к штрафу в $500 и 180-дневному тюремному заключению. Фармер тут же заплатила $250 и была условно освобождена.

К январю 1943 Фрэнсис так и не заплатила оставшуюся часть штрафа, а вдобавок на неё поступила жалоба от парикмахера киностудии, согласно которой актриса выбила ему челюсть. Эти действия привели к тому, что актриса вновь оказалась под арестом. Во время судебного слушания на следующее утро после ареста Фармер обвинила полицию в нарушении её гражданских прав, запустила в судью чернильницу и потребовала адвоката. Её немедленно приговорили к тюремному заключению в 180 дней и под крики и нападки на полицейских вынесли из зала. Это всё не прошло незамеченным и стало главной новостью в прессе. В тюрьме Фармер пробыла недолго и вскоре, благодаря её свояченице, работавшей депутатом в местном округе, была переведена в Центральный госпиталь Лос-Анджелеса, где у неё диагностировали маниакально-депрессивный психоз.

Во время её обследования в санатории Кимбол в Сан-Фернандо, Фармер был поставлен диагноз шизофрения и применена шоковая инсулиновая терапия, на что её семья не давала согласия. Спустя девять месяцев, проведённых в санатории, Фрэнсис удалось оттуда бежать и, преодолев путь в 32 км, она добралась до дома своей сестры. После того как мать Фрэнсис узнала о применённых к дочери процедурах, она приехала в Лос-Анджелес и начала долгую юридическую борьбу с целью получить полное опекунство над ней. Хотя психиатры настаивали на продолжении лечения, Лиллиан Фармер удалось выиграть в этом деле, и в сентябре 1943 года она с дочерью вернулась в Сиэтл.

Но это не стало выходом из ситуации, и в течение шести месяцев, проведённых в родительском доме, Фармер постоянно проявляла агрессию в отношении матери, и ей пришлось вновь упрятать дочь в одну из клиник в штате Вашингтон. Там к Фрэнсис применялась электросудорожная терапия, и по истечении трёх месяцев она была признана полностью вылечившейся. Спустя некоторое время Фармер отправилась с отцом в город Рино в штате Невада, чтобы повидаться с тётей. Но во время этой поездки сбежала и, после длительных путешествий на попутках, была арестована за бродяжничество в калифорнийском городе Антиох.