Следующее её появление на экранах произошло в 1998 году в биографическом фильме её давнего знакомого Джона Мэйбери «Любовь — это дьявол: штрихи к портрету Фрэнсиса Бэкона», в основу которого легла история взаимоотношений знаменитого художника-экспрессиониста Фрэнсиса Бэкона и его любовника Джорджа Дайера. В этом фильме Суинтон была практически неузнаваема в роли Мюриэль Белчер, владелицы лондонского паба Colony Club, завсегдатаем которого был Бэкон.

Совсем иным было появление актрисы в режиссёрском дебюте Тима Рота — психологическом триллере 1999 года «Зона военных действий» по одноимённому произведению Александра Стюарта, фильме о чудовищных взаимоотношениях между членами одной английской семьи. Суинтон исполнила роль матери, узнавшей от сына, что её муж вступил в кровосмесительную связь с их собственной дочерью.

В 2000 году Суинтон появилась в приключенческом триллере Дэнни Бойла «Пляж» с Леонардо Ди Каприо в главной роли. В этом фильме о молодом американце Ричарде, попадающем на уединённый остров, актриса исполнила роль Сэл — женщины, которая возглавляет коммуну добровольно удалившихся от цивилизации островитян.

Далее в том же году последовала работа в мистической ленте известного канадского режиссёра Робера Лепажа «Возможные миры». Фильм начинается с загадочного преступления — полиция обнаруживает труп некоего Джорджа Барбера, из черепа которого извлечены мозги. Однако Джордж вовсе не мёртв, он продолжает жить в нескольких параллельных мирах, в каждом из которых встречает в различных воплощениях героиню Суинтон, женщину по имени Джойс. По сути актриса сыграла четыре самостоятельные роли, и каждую из них исполнила с блеском.

Голливуд

После «Пляжа», снятого на деньги кинокомпании 20th Century Fox, Суинтон стали приглашать в голливудские проекты, и, если сценарии производили на неё впечатление, актриса принимала эти предложения. Первой голливудской картиной Суинтон стал фильм «Концы в воду» (2001) — мистический триллер по роману Элизабет Холдинг.

Фильм повествует о женщине Маргарет Холл, которая вместе с тремя сыновьями живёт на берегу озера Тахо. Маргарет обеспокоена гомосексуальными наклонностями старшего сына, но настоящие неприятности начинаются, когда она обнаруживает около дома труп его любовника. Подозревая, что преступление мог совершить сын, Маргарет прячет тело убитого в озере, но некто узнаёт об этом поступке и начинает её шантажировать.

За роль Маргарет Суинтон была номинирована на получение ряда престижных кинонаград (в том числе на «Золотой глобус») и в итоге была награждена премиями Общества кинокритиков Бостона и Общества кинокритиков Лас-Вегаса как лучшая актриса. В том же году она сыграла эпизодическую роль в триллере Камерона Кроу «Ванильное небо», а через год ещё одну второстепенную роль — в фильме «Адаптация».

В 2002 году Суинтон вновь поработала с Линн Хершман-Лисон. На этот раз она приняла участие в фантастическом фильме «Техносекс», истории о биогенетике Розетте Стоун, создателе трёх своих клонов — киборгов Руби, Олив и Маринн, у которых есть одна интересная особенность: для поддержания существования им необходимо подпитываться Y-хромосомами, которые содержатся в мужской сперме. Чтобы добыть необходимую субстанцию, Руби регулярно выходит на городские улицы и соблазняет мужчин, но после секса с киборгом те просыпаются импотентами и с небольшим штрих-кодом на лбу. В этом фильме Суинтон принадлежали все четыре главные роли — и биогенетика Стоун, и трёх её клонов.