Кроме того, в ряде случаев Козьма Пражский не был беспристрастен. Так, в «Хронике» отсутствуют упоминания о Сазавском монастыре, в котором проводились славянские литургии. Козьма, который был ярым католиком, отрицательно относился к «схизматикам». Также в «Хронике» полностью отсутствуют упоминания о польском князе Болеславе I Храбром. Образы многих правителей Чехии искажены. Кроме упомянутого выше Болеслава Грозного, сильно чувствуется неприязнь хрониста к князю Вратиславу II. Также в «Хронике» опущены военные успехи князя в 1074—1081 годах и не сообщается о его смерти. Эта неприязнь имеет несколько причин. Козьма был сторонником пражского епископа Яромира, который серьёзно враждовал с Вратиславом. Кроме того, Козьма считал Вратислава приверженцем сазавских схизматиков. Ещё одной причиной было то, что Вышеградский капитул, основанный Вратиславом, был серьёзным конкурентом Святовитского капитула, к которому принадлежал сам Козьма. Для обоснования своих взглядов Козьма приводит поддельную папскую грамоту о запрете славянского богослужения.

Во многом все неточности и ошибки «Чешской хроники» связаны с тем, что Козьма выступал защитником интересов пражского капитула. При этом он был поборником сильной княжеской власти и сторонником независимости чехов. Эта позиция нашла отражение в хронике, когда автор выступает против феодальных междоусобиц. Кроме того, из текста видно, что Козьма наиболее симпатизирует тем правителям, которые укрепляли христианство и занимались борьбой с язычеством. Вместе с тем, следует учитывать то, что автор опасался говорить правду о правителях Чехии, о чём сообщает прямо. Особенно сильно виден субъективизм автора в третьей книге.

Однако в целом «Хроника» является ценным историческим источником, причём не только по истории Чехии, но также по истории ряда соседних государств (Германии, Польши, Венгрии). При этом многие её сведения уникальны. «Хроника» Козьма Пражского, наряду с «Повестью временных лет» Нестора и «Хроникой и деяниями князей или правителей польских» Галла Анонима, имеет фундаментальное значение для славянской культуры и входит в число важнейших источников по истории Чехии и соседних с ней государств.

Исследования хроники

Рукописные списки «Чешской хроники»

Оригинал «Чешской хроники» не сохранился, в 1923 году Б. Бретхольц на базе сопоставительного исследования 15 списков составил классификацию списков, разделил их на три группы: A, B и C. Впоследствии были обнаружены некоторые отрывки и фрагменты, не учтённые в этой классификации. В дальнейшем точность деления на три группы подвергалась критике со стороны Марии Войцеховской, однако полноценная замена не была предложена. После Второй мировой войны Лейпцигский и Дрезденский списки длительное время считались утраченными, в настоящее время оба списка найдены, хотя Дрезденский список критически повреждён пожаром. Страсбургский список полностью утрачен в результате пожара в 1870 году. Стокгольмский и Будишинский списки в оцифрованном виде общедоступны.