Книга начинается с описания приключений Агента Ли, странствующего по США в поисках очередной дозы наркотика; главного героя на протяжении всего повествования преследует полиция. Здесь же в сюжетную линию попадают масса эпизодических персонажей, описывающих различные знакомства Ли в ходе его путешествия. Протагонист получает задание нанять некого Доктора Бенвея, для чего он отправляется на территорию Мексики; там Бенвей рассказывает Ли о своём пребывании в месте под названием Аннексия (город, использованный Берроузом для иллюстрации штата, на манер американских, подконтрольного полиции и существующей системе контроля, поставленной выше прав и свобод человека). Повествование далее перемещается в Свободию (данная тема наиболее полно развивается в эссе «Пределы контроля» из «Счётной машины»; согласно Берроузу, чтобы быть максимально эффективным, контроль должен быть частичным — он должен создавать иллюзию свободы), некоторое подобие лимба, где в повествование попадает влиятельная организация «Ислам Инк.» (работодатель Ли); так же появляются новые герои — Хоселито, Карл и Клем. Описывается торговая площадь, где продается так называемое «чёрное мясо» (в романе оно изображает джанк, то есть героин). Здесь же впервые раскрывается истинная суть Бенвея — злого, садистского врача-психопата, который и становится антагонистом Агента Ли. Повествование перемещается из Свободии в Интерзону (данное место создано Берроузом по образу Международной зоны Танжер в Марокко, где он жил продолжительное время), где появляется новый герой — Хассан (Хасан ибн Саббах, герой множества произведений писателя), устраивающий кровожадную оргию. Параллельно с этим в повествование попадает А.Дж., срывающий вечеринку и разжигающий конфликт с Хассаном. Далее ход романа возвращается на торговую площадь Аннексии, описывается её тоталитарный режим. Одновременно с этим идут краткие истории участников происходящего — Бенвея, А.Дж., Клема и других. Далее следует описание четырёх заинтересованных сторон, представленных на территории Интерзоны. Сюжет неожиданно возвращается к реальности Агента Ли, преследуемого двумя полицейскими офицерами, с которыми он успешно расправляется. Роман завершается скомканным (по методу нарезок) диалогом и внезапно заканчивается.

Несмотря на то, что номинально в книге возможно выделить некое подобие сюжетной линии, подавляющее большинство литературных критиков (Джеймисон, Bruce Alexander Cook, Jorre, Arthur S. Link и Catton, Zott, Dittman, Burner) рассматривают роман в качестве бессюжетного. «Текст этой феерической антиутопии воспроизводит обрывки полуосознанных, бредовых наркотических видений-галлюцинаций, в которых перемешаны гротескные, доведённые автором до абсурда черты нашего мира и времени, приметы нашей жизни» — описывали Ярослав Могутин и Александр Шаталов содержание романа в предисловии к его русскоязычному изданию.

Аналогично сборнику рассказов «Интерзона», протагонистом «Голого завтрака» является alter ego Берроуза, в тексте произведения фигурирующее под псевдонимом «Инспектор Ли» (иногда под именами Уильям Ли, Билл Ли, Агент Ли). Вторым по значимости персонажем книги является Доктор Бенвэй — «манипулятор и координатор знаковых систем, специалист по всем фазам допроса, промывки мозгов и контроля», как представляет его Берроуз на страницах романа; является антагонистом главного героя. Остальные упомянутые в тексте персонажи предстают второстепенными и не являются сюжетно значимыми.