Лишь ликийцы и кавнии (негреческое автохтонное население Малой Азии) оказали отчаянное сопротивление многочисленному персидскому войску, встретив его в открытом бою. Ликийцы были оттеснены в город Ксанф, где они предали акрополь огню, заранее собрав туда своих жён, детей, рабов, а сами погибли в бою. Таким же упорным было сопротивление кавниев. Но, естественно, они не могли остановить продвижение большого и хорошо вооружённого персидского войска. Теперь вся Малая Азия попала под власть персов. За свою преданность Гарпаг получил Лидию в наследственное управление.

Подчинение Вавилонии

Взятие Вавилона

Весной 539 года до н. э. персидская армия двинулась в поход на Вавилон. В этот критический момент Угбару, наместник области Гутиум (вавилонская провинция к востоку от среднего течения Тигра), изменил царю Набониду и перешёл на сторону Кира. По словам Геродота, при переправе через Гинд (современная Дияла) одна из священных белых лошадей утонула в нём. Кир в гневе приказал наказать реку. В течение лета персидское войско прорыло 360 каналов и отвело воду из реки. Видно, Кира задержали гидравлические сооружения Навуходоносора, приведённые в действие и залившие водой всё пространство от Описа и Сиппара к югу, отрезав таким образом Вавилон от вражеской армии. То, что Геродот представляет как самодурство, было, очевидно, вполне обдуманным предприятием — снова спустить воду с затопленной местности и сделать её проходимой. Только после этого Кир продолжил поход.

Вавилонское войско стало лагерем у города Опис, прикрывая переправы через Тигр. Но Кир в 20-х числах сентября неожиданно обошёл Мидийскую стену с запада. Посланный Киром корпус Угбару осадил Вавилон, в котором находился сильный гарнизон во главе с сыном Набонида Валтасаром. Сам же Кир ударил по армии Набонида, стоящей у Описа, с тыла. В сражении у Описа, происшедшем в самом конце сентября, вавилонская армия потерпела жесточайшее поражение и бежала. Набонид с немногими приближёнными хотел отступить к Вавилону, но путь туда был отрезан войсками Угбару, и Набонид укрылся в Борсиппе.

10 октября был захвачен без боя Сиппар, а 12 октября, согласно вавилонским источникам, Угбару вступил в Вавилон. (Согласно Геродоту, Кир велел отвести реку и вступил в город по её руслу, в то время как жители справляли какой-то праздник, но современная событиям Вавилонская хроника ничего об этом не говорит, и поэтому многие историки считают сообщение Геродота недостоверным.)

Валтасар, пытавшийся оказать сопротивление персам в центре города, был убит. Угбару, наместник Гутиума, командовавший персидскими войсками, вступившими в Вавилон, немедленно принял меры по предотвращению в городе резни и грабежей. В хронике говорится: «До конца месяца (ташриту, то есть до 26 октября 539 года до н. э.) щиты страны Гутиум окружали ворота Эсагилы. Ничьё оружие не было положено в Эсагиле и святилищах, и ритуал не был нарушен». Набонид, узнав о падении Вавилона и гибели Валтасара, покинул Борсиппу, вернулся в Вавилон и добровольно сдался в плен. 29 октября 539 года до н. э. в Вавилон вступил и сам Кир, которому была устроена торжественная встреча. «3 арахсамну (29 октября), — продолжает хроника, — Кир вступил в Вавилон. (Улицы) перед ним были устланы ветвями. Мир в городе был установлен. Кир объявил мир всему Вавилону». Пленный Набонид без лишнего шума был отправлен в почётную ссылку в отдалённую Карманию на востоке Ирана, где и окончил свои дни.