В Армении подвергаются вымиранию многие виды растений и животных. Это связано с активной вырубкой лесов, эксплуатацией различных месторождений, деятельностью человека. На 2011 год в Красной книге Армении включены 452 вида растений, 40 видов грибов, 308 видов животных (153 вида позвоночных, 155 - беспозвоночных).

Фауна

Примерно из 17,500 видов позвоночных и беспозвоночных животных, обитающих в Армении, около 300 считаются редкими или сокращающимися. В Красную книгу Армении на данный момент внесено в общей сложности 99 видов позвоночных, 39 из которых внесены также в Красную книгу бывшего СССР, а некоторые находятся под угрозой в мировом масштабе (в соответствии с Красным списком исчезающих животных МСОП). Однако ревизия Красной книги Армении, по всей видимости, приведет к включению многих других видов (возможно, список увеличится в два раза). Еще не завершена работа над Красной книгой беспозвоночных Армении, но, судя по первым оценкам, в нее будут включены более ста видов. Только в Красной книге бывшего Советского Союза упоминаются 48 видов беспозвоночных, встречающихся в Армении.

В числе позвоночных в Красную книгу Армении внесены 12 видов амфибий и рептилий и 18 видов млекопитающих. Многие из этих видов находятся под угрозой исчезновения. Опасности для этих видов в последние годы возросли по причине природных катастроф, экономического кризиса, также из-за отсутствия эффективного природоохранного законодательства. Среди млекопитающих под наибольшей угрозой исчезновения находятся виды: переднеазиатский леопард (Panthera pardus ciscaucasica), арменийский муфлон (Ovis orientalis gmelinii), бородатый козёл (Capra aegagrus), перевязка (Vormela peregusna), обыкновенная выдра (Lutra lutra), армянская мышовка (Sicista armenica), сирийский бурый медведь (Ursus arctos syriacus), манул (Felis manul). Кроме того, к вымершим в Армении видам, по всей вероятности, относятся полосатая гиена (Hyaena hyaena) и кавказская мышовка (Sicista caucasica).

Флора

Почти половине видов растений в Армении может угрожать исчезновение. Это происходит в результате природных процессов и деятельности человека. К настоящему времени в Армении исчезло около 35 видов растений, которые имеют важное экономическое значение для страны. В новое, значительно переработанное издание Красной книги Армении, опубликованное в 2011 году, внесено 452 вида растений, что составляет приблизительно 14 % всей флоры Армении. В Красную книгу бывшего СССР включен 61 вид растений Армении (информация на 1984г). Под угрозой исчезновения находятся такие виды, как аир тростниковый (Acorus calamus), ценное лекарственное растение, и красивейшее иудино дерево (Cercis griffithii), эндемик Армении - лилия армянская (Lilium monadelphum subsp. armenum). Также к исчезающим видам относятся: эндемичная солянка Тамамшян (Salsola tamamschjanae), находящаяся под угрозой из-за переработки песка, и субэндемичний ирис Гроссгейма (Iris grossheimii). Кроме того, окончательно не выяснен статус низших растений. 15 видов грибов считаются исчезающими.