Полис и Д6

В Полисе Артём показывает жетон Хантера Мельнику и рассказывает совету станции про угрозу, прося помощи. Однако Совет в помощи отказывает ввиду недостатка ресурсов и людей, которые требуются для войны с фашистами, да к тому же считает Артёма суеверным парнем с окраины. Надежда появляется, когда Мельник обещает свою помощь в борьбе с чёрными и спасении ВДНХ, тем самым спасая и остальные станции. Мельник планирует найти Д6 (Метро-2), чтобы добраться до ракетных установок и уничтожить логово чёрных. Точный вход в Д6 был потерян в результате ядерного удара, поэтому сталкерам приходится выбираться на поверхность и идти в Российскую государственную библиотеку, чьи военные архивы хранят документацию о расположении Д6. Из-за ранения Данилы, одного из сталкеров, Артёму пришлось отыскать архив самому, пробираясь через опасные места библиотеки, населённые агрессивными мутантами — «библиотекарями». Найдя документацию и выйдя из библиотеки, Артём встречается с Мельником и Ульманом, с которыми он уезжает в базу Ордена, расположенную в церкви на поверхности. Там он вновь встречает Хана, который предостерегает Артёма от опрометчивых решений и насилия. Собрав отряд из шести человек, среди которых хороший техник Владимир, Артём и Мельник отправляются в тоннели, на поиски Д6. Открыв запечатанные гермодвери, ведущие в тайный комплекс, отряд сталкивается с ордами упырей, однако с потерями отбивается. В Д6 выжившие сталкеры находят ракетный командный центр, но в нём не оказывается электропитания. Артёму и Мельнику приходится вручную перезапустить реактор центра. Добравшись до реактора, Артём и Мельник сталкиваются с некой биомассой, которая, вероятно, является результатом мутации биологического оружия. Биомасса не даёт Артёму и Мельнику запустить реактор с пульта, и Артём запускает реактор вручную, удалив краном замедляющие стержни в рабочей зоне реактора. Это лишает биомассу энергии, но не убивает её окончательно. Добравшись до поезда, Артём берёт навигационную установку с лазерным целеуказателем и вместе с Мельником с помощью монорельса отправляются к Останкинской телебашне.

...Единственные выжившие после нападения мутантов, Мельник и Артём, оставив Владимира за компьютером управления и Ульмана для его охраны в комплексе, собираются разместить лазерный целеуказатель для ракет из Д6. Для этого нужно забраться на самую высокую точку Останкинской телебашни. В течение похода Мельника ранит демон. Артёму предстоит в одиночку завершить путешествие.

Концовки

В игре есть два вида концовок:

Обычная концовка

Обычная концовка. Нужно лишь придерживаться основной сюжетной линии. Не выполнять второстепенные задания. В конце игры, застрелив чёрного, Главный герой будет наблюдать, как из Д-6, со стороны озера Останкинский пруд будут лететь три ракеты. Они успешно поражают цель, сделав из главного здания Ботанического сада руины, а логово чёрных превращает в пыль.

Альтернативная концовка

В отличие от обычной концовки, в альтернативном варианте у игрока есть выбор: уничтожить «чёрных», либо пощадить их и вывести из строя систему наведения. Артём понимает, что «чёрные» пытались выйти на контакт, а до этого уничтожали людей как агрессивный и примитивный биологический вид. «Чёрные» живы и больше не причинят никому зла.

В конце каждой концовки Артём смотрит на рассвет, обсуждая свой поступок.