Обе книги, составляющие «Отчёты Кинси», подверглись сильной критике консерваторов как способствующие вырождению, дегенерации общественной морали. Книга «Сексуальное поведение самца человека» была включена в два списка наихудших книг современности, составленных консервативными организациями. Она была названа N3 в списке 50 наихудших книг Института межконфессиональных исследований «Пятьдесят наихудших книг двадцатого столетия» и N4 в списке 10 наиболее опасных книг, составленном организацией Человечество и события «Десять наиболее опасных книг 19-го и 20-го веков».

В дополнение к моральному неприятию работ Кинси, другие критики фокусировались на качественном составе выборки и статистических погрешностях выборки. В 1948 году, году оригинального издания первой из двух книг Кинси, комитет Американской Статистической Ассоциации, включая таких известных специалистов по статистике, как Джон Таки, подверг критике процедуру отбора респондентов. Таки был, вероятно, наиболее сильным критиком работы Кинси, утверждая, что «Случайная выборка трёх человек была бы лучше, чем группа из 300 человек, отобранная мистером Кинси». .

Критика выборки и статистических методов Кинси концентрировалась в основном вокруг чрезмерной представленности некоторых социальных групп в его выборке. Так, 25 % выборки Кинси либо были заключёнными тюрем в настоящем времени, либо отбыли тюремное наказание в прошлом, 5 % выборки были мужчинами-проститутами.

Критика, прозвучавшая со стороны некоторых ведущих психологов того времени, прежде всего Абрахама Маслоу, была связана с тем, что Кинси не учёл искажения, связанные с тем, что данные собирались только на добровольцах, желавших участвовать в исследовании.

В ответ на эту критику Поль Гебхард, получивший после Кинси пост директора Института Кинси потратил годы на «очистку» первичных данных Кинси от предполагаемых загрязнений, удалив, например, все данные, полученные от осуждённых или отбывших наказание, из базовой выборки. В 1979 году Поль Гебхард в соавторстве с Аланом Джонсоном опубликовал работу «Данные Кинси: Граничный пересчёт по данным интервью, проведенных Институтом Кинси в 1938—1963 годах».

Выводы, полученные Гебхардом и Джонсоном после очистки данных Кинси, к удивлению самого Гебхарда, состояли в том, что ни одна из оригинальных статистических оценок Кинси не была значительно изменена вследствие статистических погрешностей выборки.

Профессор Мартин Дуберман, открытый гей, историк и активист ЛГБТ-движения, утверждает:

«Вместо данных Кинси 37 %, Гебхард и Джонсон получили 36,4 % имевших когда-либо однополый контакт, вместо 10 % преимущественно гомосексуальных мужчин после исключения заключенных и отбывших наказание они получили 9,9 % для белых мужчин с образованием не ниже колледжа, и 12,7 % для лиц с меньшим уровнем образования. Что касается требования случайной выборки, то коллектив независимых статистиков, изучавших статистические методы и процедуры, применявшиеся Кинси, заключил еще в 1953 году, что уникальные проблемы, лежащие в природе самого исследования сексуальности, исключают возможность получения истинно случайной выборки, и что техника интервьюирования, применённая Кинси, была „исключительно умелой“. Они характеризовали работу Кинси в целом как „монументальную“»

Обвинения в совращении детей