При проектировании логистических систем, методов и приемов логистического менеджмента были разработаны и апробированы многие методологические принципы, основными из которых являются:

- Системный подход, который проявляется в рассмотрении всех элементов логистической системы как взаимосвязанных и взаимодействующих для достижения единой цели управления. Отличительной особенностью системного подхода является оптимизация функционирования не отдельных элементов, а всей логистической системы в целом.

- Принцип тотальных затрат, т. е. учет всей совокупности издержек управления материальными и связанными с ними информационными и финансовыми потоками по всей логистической цепи.

- Принцип глобальной оптимизации. При оптимизации структуры или управления в синтезируемой логистической системе необходимо согласование локальных целей функционирования элементов системы для достижения глобального оптимума.

- Принцип логистической координации и интеграции. В процессе логистического менеджмента необходимо достижение согласованного интегрального участия для всех звеньев логистической системы от ее начала и до конца в управлении материальными (информационными, финансовыми) потоками при реализации целевой функции.

- Принцип моделирования и информационно-компьютерной поддержки. При анализе синтезе и оптимизации процессов в логистических системах и цепях широко используются различные модели: математические, экономико-математические, графические, физические, имитационные и другие. Реализация логистического менеджмента сейчас практически невозможна без соответствующей информационно компьютерной поддержки.

- Принцип разработки необходимого комплекса подсистем, обеспечивающих процесс логистического менеджмента: технической, экономической, организационной, правовой, кадровой, экологической и др.

- Принцип TQM – всеобщего управления качеством – обеспечение надежности функционирования и высокого качества работы каждого элемента логистической системы для обеспечения общего качества товаров и сервиса, поставляемых конечным потребителям.

- Принцип гуманизации всех функций и технологических решений в логистических системах, что означает соответствие экологическим требованиям по охране окружающей среды, социальным, этическим требованиям, и работы персонала.

- Принцип устойчивости и адаптивности. Логистическая система должна устойчиво работать при допустимых отклонениях параметров и факторов внешней среды.

Как правило, ЛС являются большими и сложными стохастическими системами, что проявляется в интегральном взаимодействии таких комплексных факторов и причинных отношений как:

- наличие большого количества элементов – ЗЛС (логистических посредников);

- сложный характер взаимодействия между ЗЛС по материальным, финансовым и информационным потокам;

- многопрофильность (многоассортиментность) материальных потоков;

- большое количество и сложность логистических операций и функций, выполняемых подсистемами ЛС и ЗЛС;

- трудноформализуемый, качественный характер взаимосвязей и критериев функционирования ЗЛС;

- стохастический характер большинства факторов и процессов, затрудняющий формирование управления и процедур принятия решений;

- существенная роль субъективных факторов, обусловленных наличием человека в звеньях систем управления логистических структур.

Указанные факторы предопределяют необходимость использования одного из основополагающих методологических принципов для анализа и синтеза ЛС, а именно системного подхода. Методы системного подхода являются наиболее действенными и эффективными при решении сложных проблем формирования ЛС.