Водоёмы и каналы в «биологическом» разделе могут означать связь с алхимией, что могло бы иметь значение, если бы книга содержала инструкции по приготовлению медицинских эликсиров и смесей. Однако для алхимических книг того времени характерен графический язык, где процессы, материалы и компоненты изображались в виде особых картинок (орёл, лягушка, человек в могиле, пара в постели и т. д.) или стандартных текстовых символов (круг с крестом и т. д.). Ни один из них не может быть убедительно идентифицирован в манускрипте Войнича.

Алхимическая гербалистика

Серджио Торезелла (Sergio Toresella), эксперт по палеоботанике, отмечал, что манускрипт мог быть алхимической гербалистикой, которая на самом деле не имела ничего общего с алхимией, но была фальшивой книгой травника с выдуманными картинками, которую лекарь-шарлатан мог носить с собой, чтобы производить впечатление на клиентов. Предположительно, существовала сеть домашних мастерских по производству таких книг где-то в северной Италии, как раз во времена предположительного написания манускрипта. Однако такие книги значительно отличаются от манускрипта Войнича и стилем, и форматом, кроме того, все они были написаны на обычном языке.

Астрологическая ботаника

Астрологические исследования часто играли заметную роль при сборе трав, кровопускании и других медицинских процедурах, которые проводились в благоприятные числа, расписанные в астрологических книгах (например, книги Николаса Калпепера). Однако за исключением обычных зодиакальных символов, изображения 24-часового дня, года, состоящего из 12 месяцев, времён года и одной диаграммы, возможно, изображающей классические планеты, никто пока не смог интерпретировать иллюстрации в рамках известных астрологических традиций (европейских или любых других).

Микроскопы и телескопы

Круговой чертёж в «астрономическом» разделе изображает объект неправильной формы с четырьмя изогнутыми секторами; некоторые интерпретируют его как изображение галактики, которое могло быть получено только с помощью телескопа. Другое изображение было интерпретировано как клетка живого организма, наблюдаемая через микроскоп. Это позволяло предположить, что время создания манускрипта — не Средневековье, а более поздний период. Однако сходство является достаточно сомнительным, так как при ближайшем рассмотрении центральная часть «галактики» больше похожа на бассейн.

Теории о языке манускрипта

Множество теорий было выдвинуто по поводу языка, используемого в манускрипте. Далее приведены некоторые из них.

Буквенный шифр

Согласно этой теории, манускрипт Войнича содержит осмысленный текст на каком-то европейском языке, который был намеренно переведён в нечитаемый вид отображением его в алфавите манускрипта с помощью какого-то кодирования — алгоритма, который оперировал отдельными буквами.

Это было рабочей гипотезой для большинства попыток расшифровки на протяжении XX века, в том числе для неофициальной группы криптоаналитиков Управления национальной безопасности США (National Security Agency, NSA) под руководством Уильяма Фридмана в начале 1950-х годов. Простейшие шифры, основанные на замене символов, могут быть исключены, так как их очень просто взломать. Поэтому усилия дешифровальщиков были направлены на полиалфавитные шифры, изобретённые Альберти в 1460-х годах. Этот класс включает в себя известный шифр Виженера (Vigenere cipher), который мог быть усилен использованием несуществующих и/или аналогичных символов, перестановкой букв, ложными пробелами между словами и т. д. Некоторые исследователи предполагают, что гласные буквы были удалены перед кодированием. Было несколько заявлений о дешифровке на основании этих предположений, но они не получили широкого признания. В первую очередь потому, что предложенные алгоритмы расшифровки были основаны на стольких догадках, что с их помощью можно было бы извлечь осмысленную информацию из любой случайной последовательности символов.