Основной аргумент в пользу этой теории заключается в том, что использование странных символов европейским автором едва ли можно объяснить иначе, чем попыткой скрыть информацию. Действительно, Роджер Бэкон разбирался в шифрах, а предположительный период создания манускрипта приблизительно совпадает с рождением криптографии как систематизированной науки. Против этой теории выступает наблюдение о том, что использование полиалфавитного шифра должно было уничтожить «естественные» статистические свойства, которые наблюдаются в тексте манускрипта Войнича, такие как закон Ципфа. Также, хотя полиалфавитный шифр и был изобретён примерно в 1467 году, его разновидности стали популярны только в XVI веке, что несколько позднее предполагаемого времени написания манускрипта.

Шифр по кодовой книге

Согласно этой теории, слова в тексте манускрипта в действительности являются кодами, которые расшифровываются в особом словаре или кодовой книге. Основной довод в пользу теории — тот факт, что внутренняя структура и распределение длин слов сходны с используемыми в римских цифрах, которые были бы естественным выбором для этой цели в то время. Однако кодирование, основанное на кодовых книгах, удовлетворительно только при написании коротких сообщений, так как оно очень обременительно для письма и чтения.

Визуальный шифр

Джеймс Финн (James Finn) предположил в своей книге «Надежда Пандоры» (Pandora’s Hope) (2004), что манускрипт Войнича на самом деле визуально закодированный текст на иврите. После того, как буквы в манускрипте были правильно транскрибированы на «Европейский алфавит Войнича» (ЕАВ, или EVA на английском), многие слова в манускрипте могут быть представлены как слова на иврите, которые повторяются с различными искажениями, чтобы ввести в заблуждение читателя. Например, слово AIN из манускрипта — это слово «глаз» на иврите, которое повторяется как искажённая версия в виде «aiin» или «aiiin», что производит впечатление нескольких разных слов, хотя на самом деле это одно и то же слово. Предполагается возможность использования и других методов визуального кодирования. Основной аргумент в пользу этой теории тот, что она может объяснить неудачные исходы других попыток декодирования, опиравшихся больше на математические методы дешифровки. Основной аргумент против этой точки зрения тот, что при таком подходе к природе шифра манускрипта, на плечи отдельно взятого дешифровщика ложится тяжёлое бремя различной интерпретации одного и того же текста из-за множества альтернативных возможностей визуальной кодировки.

Микрография

После повторного открытия в 1912 году, одна из наиболее ранних попыток раскрыть секрет рукописи (и, несомненно, первое среди преждевременных заявлений о расшифровке) была сделана в 1921 году Уильямом Ньюболдом (William Newbold), известным специалистом по криптоанализу и профессором философии университета штата Пенсильвания (University of Pennsylvania), а также коллекционером старинных книг. Его теория состояла в том, что видимый текст бессмыслен, но каждый символ, из которых состоит текст, является набором крошечных чёрточек, различимых только при увеличении. Эти чёрточки предположительно формировали второй уровень прочтения рукописи, который и содержал осмысленный текст. При этом Ньюболд опирался на древнегреческий способ скорописи, использовавший подобную систему условных обозначений. Ньюболд утверждал, что, исходя из этой предпосылки, он сумел расшифровать целый параграф, который доказывал авторство Бэкона и свидетельствовал о его выдающихся способностях учёного, в частности, об использовании им сложного микроскопа за четыреста лет до Антони ван Левенгука.