Акт II

Спустя несколько лет Глинда, мадам Моррибль и Фиеро сделали карьеру в Изумрудном городе. Фиеро, став капитаном стражи, объявил о помолвке с Глиндой, получившей прозвище Добрая ведьма. Тогда же рождается слух о том, что душа Злой ведьмы настолько грязна, что только чистая вода может растопить её («Thank Goodness/I Couldn’t Be Happier»).

Тем временем Эльфаба узнаёт, что её отец умер и новым губернатором страны Жевунов стала Нессароза, которая по-прежнему вместе с Боком («Elphaba & Nessa Reunite»). Когда Нессароза злится на Эльфабу за то, что та покинула её, та накладывает на её серебряные туфельки заклятие, делая их рубиновыми. Нессароза делает свои первые самостоятельные шаги. Прибежавший Бок кричит Злой ведьме, что её сестра такая же злая, как и она, — чтобы удержать его рядом с собой, губернатор лишила жевунов права выезда из страны. Бок заявляет, что теперь ей не нужна его помощь, и он может пойти и признаться в своих чувствах Глинде, поскольку он «давно отдал ей своё сердце», однако Нессароза выхватывает у Эльфабы Гриммуар и читает заклинание. Неумелое колдовство приводит к тому, что сердце Бока начинает исчезать. Эльфаба исправляет ошибку сестры, накладывая на Бока заклятие, позволяющее ему жить без сердца. Бок засыпает, а Нессароза соглашается с его словами о том, что она такая же злая, как и её сестра («The Wicked Witch of the East»). Когда Бок просыпается и встаёт из кресла, видно, что он стал Железным Дровосеком.

Эльфаба проникает во дворец Волшебника, чтобы освободить Крылатых Обезьян. Волшебник предлагает Эльфабе забыть прежнюю вражду («Wonderful»), но Эльфаба готова принять его предложение только при условии освобождения Крылатых Обезьян. Волшебник выполняет эту просьбу, но Эльфаба замечает, что одна обезьяна не улетает. Она обнаруживает доктора Дилламонда, ставшего обыкновенным козлом. Эльфаба пытается сбежать, но Волшебник зовёт Фиеро и его людей. Вспомнив про слухи о чистой воде, он отсылает стражников за водой. Фиеро объявляет появившейся Глинде, что он выбирает Эльфабу и уходит с ней. Волшебник предлагает Глинде сделать глоток из бутылочки с зелёным эликсиром, но та отказывается. Чтобы выманить Эльфабу, ведомая обидой Глинда предлагает мадам Моррибль распустить слух, что с Нессарозой случилась беда, однако Моррибль, убеждённая, что Эльфаба не поверит слухам, намеревается устроить настоящую трагедию с Нессарозой.

В лесу Эльфаба и Фиеро признаются друг другу в любви («As Long As You’re Mine»). Фиеро предлагает укрыться в его замке, но Эльфаба слышит шум и видит, как по небу летит дом («Dorothy Arrives»). Она чувствует, что сестре грозит опасность, и спешит ей на помощь. Дом Дороти падает на Нессарозу. Глинда, провожает Дороти и Тотошку в путь по Дороге из Жёлтого Кирпича, отдав девочке рубиновые туфельки Нессарозы. Оставшись одна, Глинда скорбит по Нессарозе, а появившаяся Эльфаба ругает Глинду за то, что та отдала туфельки — единственное, что ей оставалось в память о сестре. Глинда выдаёт, что она знала о грозящей беде. Стража хватает обеих, но Фиеро, держа Глинду на мушке, приказывает им освободить Эльфабу. Эльфаба убегает, а Фиеро сдаётся страже, которая привязывает его к жерди и уносит на кукурузное поле пытать о местонахождении Эльфабы.

Эльфаба в замке Фиеро читает заклинание, которое делает его невосприимчивым к боли, и клянётся, что раз ни одно доброе дело не остаётся безнаказанным, то она больше никогда не совершит добрых дел («No Good Deed»). Тем временем Дороти вместе с соломенным пугалом Страшилой, Боком — теперь Железным Дровосеком — и Трусливым Львом отправляются уничтожить Эльфабу («March of the Witch Hunters»). Эльфаба берёт Дороти в плен и пытается заставить её отдать рубиновые туфельки Нессарозы. В замок прибывает Глинда, чтобы предупредить о приказе Моррибль. Прилетает Чистери, принёсший письмо от Фиеро. Эльфаба, прочитав его, говорит Глинде, что Фиеро превратился в соломенное пугало — Страшилу. Эльфаба решает сдаться. Она приносит ведро воды и вручает Гриммуар Глинде, взяв с той обещание, что она никогда не будет пытаться обелить её имя, поскольку тогда народ ополчится против неё и восторжествует зло, которое представляют Волшебник и Моррибль. Подруги расстаются навсегда («For Good»).