6 мая 2009 ввиду недостатка финансирования руководство компании пошло на значительное сокращение персонала, а незатронутые сокращением работники получили уведомление о том, что компания прекращает деятельность. Сайт компании в тот день прекратил работу, однако работа была восстановлена спустя несколько дней. На тот момент не было официально заявления 3D Realm на счет закрытия, равно как не было информации на форуме компании. Сообщение было помещено на официальный сайт. Оно содержало групповую фотографию ещё оставшихся сотрудников компании, а также подпись «Прощайте. Спасибо, что были нашими фанатами и поддерживали нас».

14 мая 2009 года стало известно, что Take-Two Interactive, обладатель прав на издание Duke Nukem Forever, подал в суд на Apogee Software Ltd (3D Realms) из-за нарушения договора в части срыва оговоренных сроков разработки игры. Take-Two в своем заявлении просила наложить арест и предварительный арест на активы, относящиеся к Duke Nukem Forever, чтобы обезопасить их на время судебного процесса от возможных действий 3D Realms.

18 мая 2009 ключевые управляющие 3D Realms распространили первый полный официальный «пресс-релиз», в котором описали видение процесса разработки со стороны разработчиков. В нём говорилось: «…3D Realms (3DR) не закрывается и не закрыта. Ввиду недостатка финансирования с сожалением вынуждены подтвердить информацию о том, что 6 мая мы распустили группу разработчиков Duke Nukem Forever… Поскольку 3DR теперь очень небольшая компания, мы будем продолжать существовать как компания-соавтор и будем продолжать лицензировать игры, основывающиеся на франшизе Duke Nukem… Предложение Take-Two оказалось неприемлемым для 3DR по многим причинам, включая отсутствие предоплаты, отсутствие гарантии минимального платежа, а также отсутствие гарантии на завершение разработки Duke Nukem Forever… мы понимали, что Take-Two пытается завладеть франшизой Duke Nukem по существенно заниженной стоимости… мы считаем, что процесс, инициированный Take-Two, нацелен только на прямой захват прав на собственность франшизы Duke Nukem… Мы будем упорно защищаться против этого издателя».

3 сентября 2010 года Take-Two объявила о передаче прав на разработку Duke Nukem Forever компании Gearbox Software. Это прекратило вялотекущую работу 3D Realms, продолжавшуюся до этого 12 лет. 3D Realms остались со-разработчиком игры, так как большая часть Duke Nukem Forever была создана ими. Тем не менее интеллектуальная собственность на Duke Nukem Forever была продана Gearbox, которые теперь являются полноправными собственниками франшизы Duke Nukem.

3D Realms по-прежнему сохраняет за собой некоторые права на франшизу Duke Nukem, включая, но не ограничиваясь, все выпущенные игры до Duke Nukem Forever, а также права на фильм Duke Nukem: The Movie.

В интервью, данному Скоттом Миллером в апреле 2011, было заявлено, что 3D Realms вовлечена в ряд проектов: «Да, у нас сейчас есть несколько проектов, все достаточно маленькие, никаких масштабных консольных игр. Когда DNF окончательно выйдет, мы обязательно будем искать для инвестиций новый проект, возможно, это будут какие-нибудь неизвестные группы, желающие оставить свой след в истории таких малых платформ как, например, мобильные телефоны и XBLA. У нас длинная история инвестирования в молодые, не обкатанные студии, начиная с id Software и включая такие заметные компании как Parallax Software (мы стали первой компанией, инвестировавшей в Descent) и Remedy Entertainment (Death Rally и Max Payne). Нам нравится эта система и мы продолжим ее применять в будущем. Кажется, у нас хороший глаз для поиска неопытных талантов, жаждущих помощи профессионалов и такого недоступного финансирования».