Получив огромные прибыли от продаж игры Super Mario Bros. 3 в Америке, в 1991 году Nintendo выпускает в США Super Famicom под названием Super Nintendo (SNES).

За весь период существования 16-битной приставки от компании Nintendo, для неё было выпущено большое количество качественных и удачных игр и прежде всего — игр от самого игрушечного гиганта: Super Mario World, F-Zero, The Legend of Zelda: A Link to the Past, Super Metroid и прочие шедевры дизайнерской мысли. А разработчик второго эшелона (second party), компания Rare, выпустила такие культовые игры для многих игроков всего мира, как Donkey Kong Country и Killer Instinct. Приставку охотно поддерживали и независимые разработчики, и прежде всего такие крупные компании, как Square, Enix, Capcom и Konami. Благодаря их труду для приставки Super Nintendo было создано множество игр: серии Final Fantasy и Dragon Quest, Castlevania, Ghouls'n Ghosts, Street Fighter 2, TMNT 4 и т. д.

Эра Virtual Boy

Ещё в 1994 году Nintendo выпустила Virtual Boy, 32-битную игровую систему, которая использовала для вывода трёхмерной графики несколько оттенков красного цвета.

В 1995 году Virtual Boy стала первой игровой системой, созданной в Nintendo, которая потерпела полный провал как у себя на родине в Японии, так и за океаном в США. Игроки, которые приобретали данный продукт от Nintendo, жаловались на неудобство игры. У них уставала шея от постоянного наклона головы к системе, с которой можно было играть, только предварительно поставив её на стол и надев специальные очки. Как оказалось, от такой игры болела ещё и голова.

И хотя несколько независимых разработчиков с самого начала согласились поддержать Virtual Boy, основная же их масса посчитала этот продукт рискованным и отказалась делать игры для него. Спустя недолгое время после выхода Virtual Boy склады Nintendo были просто завалены никому не нужной 32-битной системой. Продажи её были ничтожно малы. Ошибка с Virtual Boy привела к уходу из компании её разработчика (он же в своё время разработал систему Game Boy) Гумпэя Ёкои. По трагичному стечению обстоятельств Гумпэй Ёкои на следующий год после своего ухода погиб в автомобильной катастрофе.

Эра Nintendo 64

В 1996 году в Японии по цене $250 выходит приставка Nintendo 64. Для новой 64-битной игровой системы в компании Nintendo разработали инновационный контроллер. В него были заложены возможности управления игрой двумя способами: один представлял собой управление игрой с использованием обычной крестовины D-Pad, другой — с использованием аналогового джойстика. На контроллере размещались девять кнопок, а также был специальный порт на обратной стороне устройства для карт памяти и других дополнительных модулей.

Единственной проблемой в приставке Nintendo 64, послужившей поводом для размолвки компании Nintendo со многими важными независимыми разработчиками, были игровые модули (картриджи). Для издательств и разработчиков больше подходили обычные CD-ROM. Стоимость их производства была невелика, их можно было производить большими тиражами в отличие от дорогих и потому рискованных игровых модулей. Пока было не ясно, как новая приставка будет воспринята пользователями, а уже требовались весьма значительные затраты на предпродажное производство игровых модулей. Все конкурирующие приставки, а именно PlayStation от Sony и Saturn от Sega, использовали в качестве носителя информации CD-ROM.