2000—2008 годы

В 2000 году команды Sega становятся полуавтономными разработчиками, в том числе и Sonic Team, которая в 2000 году стала называться Sonic Team Ltd. Компания в это время серьёзно поднимала качество игр. Но даже выпуск Sonic Adventure 2 не смог повлиять на решение Sega уйти из рынка игровых консолей. Последняя игра от Sonic Team, разработанная для Dreamcast, стала Phantasy Star Online Ver. 2. В 2002 году компании передаются права на серию игр Puyo Puyo после банкротства компании-правообладателя Compile. После реструктуризации команда United Game Artists объединилась с Sonic Team в 2003 году и начинала разрабатывать Sonic Riders, а также Feel the Magic: XY/XX и The Rub Rabbits!.

Sonic Team вновь стало внутренним подразделением Sega после покупки Sega компанией Sammy. Название компании Sonic Team USA было изменено на Sega Studio USA. Она выпустила игру серии Sonic the Hedgehog Shadow the Hedgehog. В отличий от других игр серии, в Shadow the Hedgehog сюжет имел несколько концовок, а Шэдоу, главный герой игры, использовал оружие и транспортные средства.

В то же время японское отделение компании продолжало разработку юбилейной игры серии Sonic the Hedgehog Sonic the Hedgehog 2006 года. Ответственность за разработку игры взялся глава компании Юдзи Нака. Однако 8 мая 2006 года он покинул команду с десятью другими разработчиками, позднее он основал независимую компанию Prope. Разработку возглавил Накамура, который поставил перед собой цель, создать лучшую игру о Сонике за все 15 лет его существования. Однако после выпуска игры она получила негативные отзывы из-за большого количества ошибок в программировании.

Американское отделение компании сотрудничало с Backbone Entertainment для разработки игры Sonic Rivals и последующего её сиквела. Сама Sega Studio USA выпустила последнию игру компании Nights: Journey of Dreams, руководитель игры Такаси Иидзука стал новым главой компании объединённой Sonic Team.

2008 год — настоящее время

После провала игры Sonic the Hedgehog 2006 года Sonic Team пересмотрела концепцию новой игры про Соника под кодовым названием Sonic World Adventure: теперь одна часть геймплея идентична Sonic Rush, а другая похожа на серию игр God of War; вместо нескольких игровых персонажей в геймплее решили оставить одного лишь Соника. Для разработки игры используется новый движок Hedgehog Engine, который разрабатывался 3 года. После этого игру переименовывают в Sonic Unleashed, но в Японии остаётся оригинальное название — Sonic World Adventure. Игра была выпущена в конце 2008 года и получила разносторонние оценки от критиков. Новая схема дневного геймплея многими была названа лучшей за всю историю серии Sonic the Hedgehog.

Через несколько месяцев после выпуска Sonic Unleashed была выпущена вторая часть серии Storybook Sonic and the Black Knight. В это же время Ёсихиса Хасимото, который контролировал разработку Sonic Unleashed и движка для игры Hedgehog Engine, покинул команду и перешёл в Square Enix.

В 2010 году Sonic Team выпустила Sonic Colors, Sonic the Hedgehog 4: Episode I и Sonic Free Riders. В 2011 году была выпущена игра Sonic Generations для PlayStation 3, Xbox 360 и Microsoft Windows с поддержкой стереоскопического 3D, а также для Nintendo 3DS.

Второй эпизод Sonic the Hedgehog 4 вышел в 2012 году.

United Game Artists

В 2000 году Sega AM9 (первоначальное название команды) была переименована в United Game Artists. В 2003 году она была объединена с Sonic Team Japan, а до этого выпустила три игры для Sega Dreamcast. Более известна по играм Space Channel 5, Rez и по серии игр Sonic Riders.

Известные сотрудники

• Мидзугути — Sega Rally Championship, Space Channel 5 и Rez.
• Такаси «Томас» Юда (известен как создатель Ехидны Наклза) — Sonic Riders и Sonic Riders: Zero Gravity.

Sega Technical Institute

Sega Technical Institute (или STI), в отличие от других подразделений компании Sega, находилось в США. Sega Technical Institute разработала такие игры, как Kid Chameleon, Comix Zone, The Ooze и Die Hard Arcade (совместно с АМ1).

Хоть и первоначально Sonic the Hedgehog был разработан в Японии, но Sonic the Hedgehog 2 был уже разработан японскими сотрудниками Sonic Team в США с помощью Sega Technical Institute.

Sonic the Hedgehog 3 и Sonic & Knuckles вновь разработанная японскими сотрудниками Sonic Team в США, но на этот раз с несколькими композиторами из Sega Technical Institute. Sega Technical Institute разрабатывала игру Sonic the Hedgehog Spinball.

Sega Technical Institute была расформирована после отмены игры Sonic X-treme. Некоторые сотрудники в настоящее время работают в Microsoft и Luxoflux.

Игры, разработанные Sonic Team и её филиалами

Компания за всю историю существования разработала более 100 игр для разних платформ. Половина из них — игры серии Sonic the Hedgehog. Sonic Team сотрудничает с такими компаниями, как Dimps, Nintendo, Backbone Entertainment и т. д.