Шляпника и Соню собираются казнить, однако неожиданно их спасает Чеширский кот, принявший образ Шляпника и исчезнувший с плахи за миг до того, как топор опустился на его шею, после чего появился в воздухе в виде одной лишь головы. Освобождённый Шляпник пытается убедить подданных королевы восстать против «кровавой ведьмы», однако та спускает на них птицу Джуб-Джуб. Чешир, Шляпник и Соня спасают Траляля и Труляля, Белого Кролика и семью Баярда, после чего бегут в Мраморию. Шляпник рад повстречаться с принявший нормальный размер Алисой. Алиса всё также считает, что всё вокруг неё сон, но теперь она уже сожалеет, что все и в частности Шляпник нереальны. На следующий день все убеждают её, что только она способна сразить Бармаглота. Алиса отказывается и бежит в замковый сад. Там она встречает окукливающегося Абсолема, говорит, что она «та самая Алиса» и Абсолем это подтверждает, а заодно он помогает Алисе наконец понять, что это не сон и что она уже была прежде в Стране чудес. Алиса надевает доспехи и объявляет, что согласна биться с Бармоглотом.

Кульминацией фильма служит сражение армий Красной и Белой королев на шахматной доске (видимо, у Мрамории) с участием призванного Королевой Бармаглота. Сначала в бой вступают только Алиса и Бармаглот, однако последний начинает побеждать, и тогда Шляпник отвлекает его, воткнув меч ему в хвост. Красная королева кричит, что это не по правилам, и отправляет всю свою армию вместе с Валетом и Джуб-Джуб в бой. Начинается битва, Шляпник вступает в сражение с Валетом, а Брандашмыг и Соня совместными усилиями убивают Цуп-Цуп. В итоге Шляпник побеждает Валета, а Алиса находит удачный момент и — «взы-взы, стрижает Вострый меч, и голова Бармаглота барабардает с плеч»...

После того, как голова «барабарднула», армия Красной королевы отказывается служить своей госпоже. Чеширский кот крадёт с головы «кровавой ведьмы» корону и отдаёт её Белой королеве. Белая королева, получив корону, первым же делом отправляет Красную королеву в ссылку. Валет просит о снисхождении к нему, но получает отказ и отправляется в ссылку вместе с Красной королевой.

Шляпник танцует джигу-дрыгу — этот танец он специально берёг для Бравного Дня. Белая королева даёт Алисе бутылочку с эликсиром, возвращающим домой, который оказался кровью Бармаглота. Шляпник просит её остаться. Алиса хотела бы остаться, но ей пришлось ответить, что в том мире у неё остались неоконченные дела и пообещала вернуться. Шляпник сказал, что она опять забудет его, на что Алиса ответила, что его невозможно забыть.

Дома она отказывается стать женой Хэмиша, говоря, что они не пара, но готова сотрудничать с отцом незадачливого жениха. Алиса продолжает дело своего отца — торговлю, и намерена открыть новые горизонты. Она отплывает на корабле в дальние страны. Отправляясь в одно из дальних путешествий она увидела Абсолема, превратившегося в бабочку, которую видела в одном из своих давних снов. Алиса приветствует его, бабочка слетает с её плеча, и девушка грустно улыбается.

Съёмки

Большинство съёмок велось на зелёном фоне. В «Фильме о фильме» актёры признались, что всё, кроме них, было зелёным.

Костюм и рост Криспина Гловера полностью воспроизведены посредством компьютерной графики: на протяжении съёмок он ходил в зелёном CGI костюме и на ходулях, а в кадре от него только голова в повязке. Однако все движения переданы с точностью.