В руках у Ирины находится не только Джонс и Мэтт, но и пропавший Оксли. Но Окс действительно безумен после длительного общения с хрустальным черепом, и агент Спалько намеревается использовать Джонса, чтобы выпытать частично у «старины Окса», частично у черепа, который говорит лишь с избранными, как найти дорогу к Акатору. А если профессор Джонс вздумает сопротивляться, у агента Спалько есть ещё один аргумент — это Мэрион Рэйвенвуд. Мэрион — женщина, которую когда-то очень сильно любил Индиана, женщина, сопровождавшая его в поисках Ковчега более 20 лет назад, оказавшаяся к тому же матерью Мэтта «Пса» Уильямса.

Профессор Джонс вынужден подчиниться Ирине, он получает необходимые ей сведения. Но исследовательский ажиотаж Ирины в очередной раз прерывается попыткой побега — на этот раз побег стихийно организовывает юный Мэтт. И все бы удалось, если бы Индиана и Мэрион не попали в ловушку зыбучих песков. Пока Мэтт и безумный Окс организовывали спасение, Мэрион, испугавшаяся, что ей и Инди пришёл конец, неожиданно признается Джонсу, что Мэтта на самом деле зовут Генри… Мэрион назвала сына в честь его отца — Генри Джонса-младшего! Из ступора Индиану выводит лишь появление Ирины и её людей, которых привёл Оксли, чтобы спасти Джонса. И вот связанных профессора Джонса, Мэрион, Мэтта и Оксли уже везут по прорубаемой в джунглях дороге — в том направлении, где должен быть Акатор.

Едва пришедший в себя от новости о своём отцовстве, Джонс тем не менее, вступает в ожесточённую перепалку с Мэрион, которая не может простить Индиану за то, что после истории с Ковчегом тот сбежал от неё буквально за несколько дней до назначенной свадьбы. Кроме того, Генри Джонс-младший заявляет свои отцовские права на Генри Джонса-«ещё более младшего» и приступает к его воспитанию, чему последний не особенно рад.

Родительским нотациям и почти супружеской сцене может помешать лишь ещё один побег — на этот раз удачный: в результате безумной гонки через джунгли, в ходе которой имеют место карусель с перепрыгиванием различных героев с одной несущейся на полной скорости машины на машину, дуэль на рапирах между Мэттом и Ириной, полёты Мэтта на лианах а-ля Тарзан, бесконечное жонглирование хрустальным черепом, столкновение с роем муравьёв-хищников, буквально сжирающих тех несчастных, которые позволили себя настигнуть — Джонс и компания отрывается от Спалько, потерявшей большую часть своих людей в том числе и верного подручного полковника Довченко.

В себя частично начинает приходить «старина Окс». Он приводит Индиану и остальных к Акатору. Однако на деле в Золотом городе не оказывается золота — лишь полуразрушенные пирамиды и другие строения. Но Индиана сумеет обнаружить тот самый храм, в котором должен храниться череп. А храм, к удивлению всей компании, оказывается наполнен памятниками древнейших цивилизаций, расположенных в самых разных частях света — Древняя Греция, Древний Китай, Древняя Индия, Древний Египет. Каким образом предметы, созданные столь разными и столь удалёнными друг от друга культурами могли оказаться в одном месте? Но самым главным сокровищем оказывается всё-таки хрустальный череп. Индиана Джонс и его друзья входят в золотой зал, где на золотых же тронах сидят 13 хрустальных остовов странных существ с черепами вытянутой формы и огромными глазницами. И лишь один из остовов лишён головы. Однако честь вернуть ему хрустальный череп отбирает у Индианы Джонса Ирина Спалько, неустанно шедшая по его следу и, наконец, настигнувшая. Как только Ирина водружает череп на место, впавший в очередной раз в помешательство Оксли начинает говорить на древнем диалекте индейцев майя — он слышит мысли этих существ: они хотят отблагодарить за возврат черепа. Ирина Спалько просит о тайном знании… После этого хрустальные остовы будто оживают, а золотой зал начинает вращение, открывая канал в пространство между мирами…