Вернувшись в институт, в котором он преподаёт, Джонс встречается с двумя агентами военной разведки США, которые сообщают ему, что нацисты, охотящиеся за древними оккультными артефактами, разыскивают Абнера Рэйвенвуда, прежнего наставника Индианы. Рэйвенвуд — один из лучших экспертов по древнеегипетскому городу Танис, который был найден нацистами и который, по преданию, является местоположением Ковчега завета. Агенты подозревают Рэйвневуда в пособничестве третьему Рейху, однако Джонс говорит, что нацисты ищут его наставника, поскольку тот обладает наконечником посоха Ра, ключевым артефактом, открывающим путь к ковчегу. Его коллега Маркус Броуди объясняет, что по легенде, власть ковчега может сделать непобедимой любую армию, которая несёт его перед собой.

Джонс отправляется в Непал, но по прибытии узнаёт, что Абнер умер, а наконечник достался его дочери, владелице местного бара Мэрион. Обиженная на Инди за прошлое, Мэрион говорит, что наконечник не при ней, и предлагает зайти завтра. В этот же момент в бар заходит нацистский агент майор Арнольд Тот в сопровождении нескольких громил. После борьбы с перестрелкой таверна Мэрион сгорает, и она соглашается сотрудничать с Джонсом за денежное вознаграждение, которое покрыло бы все убытки. После двух дней полёта они добираются до Каира, где встречаются с Саллахом, известным египетским землекопом и другом Индианы. Саллах сообщает им, что знает, где нацисты ищут ковчег, и что Беллок работает на них. Во время прогулки по городу нацистские оперативники похищают Мэрион. Индиана пытается её спасти, но машина, в которую посадили Мэрион, взрывается. Индиана впадает в апатию, напиваясь в баре, где с ним встречается Беллок, предлагая присоединиться к нацистам. Ответив отказом, Инди чудом остается в живых. Его спасают неожиданно появившиеся дети Саллаха. Тем же вечером Саллах и Джонс расшифровывают надписи на наконечнике. Руководствуясь ими, они понимают, что нацисты ведут раскопки в неверном месте, и у них ещё есть шанс найти ковчег первыми.

Проникнув на место раскопок, Инди узнает, что Мэрион на самом деле не погибла, а находится в заложниках у Беллока. Позже друзья собирают небольшую команду и начинают рыть в верном направлении. Ближе к ночи они обнаруживают крышу скрытого под землёй Колодца Душ. Джонса спускают вниз, и он обнаруживает, что весь пол храма кишит ядовитыми змеями, которых он ужасно боится. После того, как он и Саллах достают ковчег из храма, Беллок и нацисты отбирают его, а Джонса оставляют в храме. К сожалению Беллока, вместе с Джонсом оставляют и Мэрион, а храм запечатывают. Однако Индиана и Мэрион находят выход наружу, появляясь как раз вовремя, чтобы найти готовый для перевозки ковчега в Берлин самолёт люфтваффе. При попытке остановить вылет самолёт взрывается, и Беллок и Дитрих решают доставлять ковчег автоколонной в Каир, а оттуда переправить на корабле в Германию. Украв коня, Джонс отправляется в погоню за конвоем, захватывает грузовик с ковчегом и после погони скрывается на нём. Тем же вечером Джонс и Мэрион покидают Каир, и отправляются сопровождать ковчег на пароходе, отплывающем в Англию.

На следующее утро немецкая подводная лодка под командованием Дитриха и Беллока перехватывает судно. Джонс успевает спрятаться, но нацисты похищают Мэрион и ковчег. Индиана проникает на лодку, которая отвозит его на тайный островной лагерь нацистов. Украв солдатскую униформу и гранатомёт, Джонс преследует Беллока и попадает в изолированный каньон, где нацисты планируют проверить мощь ковчега перед тем, как отправить его своему Фюреру. Он перехватывает их, и, угрожая взорвать ковчег гранатой, требует, чтобы Мэрион освободили, но Беллок догадывается, что это блеф, и вынуждает Джонса сдаться. Во время проведения церемонии открытия ковчега Мэрион и Джонса привязывают к столбу. Когда Беллок, Дитрих и Тот открывают ковчег, оттуда вырываются сверхъестественные духи; Джонс понимает, что на них опасно смотреть, и предупреждает Мэрион, чтобы та закрыла глаза. В тот же момент духи ковчега начинают убивать нацистов, плавя их лица и взрывая головы, а затем проносятся по острову очищающим огненным ураганом, освобождая Джонса и Мэрион, и закрывают ковчег.