Росомаха, как теперь именует себя Логан, начинает поиски своего брата, Виктора. Вскоре он узнает, что Виктор и Страйкер работают вместе и перевозят мутантов в некое место, называемое «Островом», для проведения экспериментов. Логан ищет возможность попасть туда. Он узнает, что один из мутантов, Реми Лебо, по прозвищу Гамбит, смог сбежать оттуда. Росомаха силой убеждает Гамбита отвезти его на этот остров.

Попав на Остров, Логан узнает, что его возлюбленная — тоже мутант, чей особый дар — внушение через прикосновения. Выясняется, что она не погибла — её смерть была лишь инсценировкой, для того, чтобы Логан согласился на инъекцию адамантия. Логан и Виктор вступают в схватку вновь, но на сей раз Логан сильнее. По просьбе Кайлы Логан освобождает её сестру, а также всех заключенных мутантов. Все вместе они направляются к выходу. Путь им преграждает Дэдпул (изменённый Уэйд Уилсон), детище полковника Страйкера, вобравшее в себя силы 11-ти мутантов и называемое «Оружием-11». Логан принимает бой, который продолжается уже на вершине градирни (торо-цилиндрическое здание для охлаждения оборотной воды на АЭС). На помощь Росомахе приходит его брат, Виктор. Вместе они побеждают Дэдпула, но вражда между ними не прекращается.

Полковник Страйкер предпринимает попытку стереть Росомахе память с помощью адамантиевой пули, выстрелив ему в голову. После попадания пули в голову Логан теряет сознание. Затем Страйкер подходит к лежащей неподалёку раненой Кайле, прицеливается, но она успевает дотронуться до него и применить свои способности — решив не опускаться до убийства Страйкера, Кайла отправляет полковника, куда глаза глядят: «иди, пока не сотрешь ноги в кровь».

Освобожденные мутанты направляются к выходу из комплекса. Ведомые Скоттом Саммерсом, они находят выход, где их встречает профессор Чарльз Ксавье, основатель школы для одаренных подростков.

Логан приходит в сознание и обнаруживает, что ничего не помнит. Вскоре он уходит с Острова, а Дэдпул проявляет признаки жизни даже после отделения головы от тела.

В конце, перед титрами, весь измотанный Страйкер идёт по дороге. Сзади подъезжает машина, его останавливают, чтобы допросить о причине смерти генерала Мансона.

После титров Логан сидит в японском баре и пьет. Девушка-бармен спрашивает у него по-японски, о чем он хочет забыть, напившись, на что Логан отвечает по-английски, что пьет не для того, чтобы забыть, а для того чтобы вспомнить.

Интересные факты

• Согласно версии фильма, Логан взял прозвище «Росомаха» из индейской легенды о любви Росомахи и Луны, которую ему рассказывала Кайла, в память о своей возлюбленной, которую считал погибшей.
• В некоторых версиях фильма, после финальных титров есть сцена, где среди обломков финальной битвы Дэдпул, ранее считавшийся умершим, пытается взять свою голову.
• Хью Джекман и Лев Шрайбер уже работали вместе в картине «Кейт и Лео», в которой Джекман играл аристократа (графа) XIX века, а Шрайбер — безалаберного современного изобретателя.
• Для съёмок фильма «Люди Икс: Начало. Росомаха» Шрайбер набрал 18 килограммов мышц. На съёмках между этими актёрами возникло соревнование — кто сделает более сложный каскадёрский трюк.
• По сюжету фильма, именно Росомаха и Дэдпул виновны в аварии на АЭС Три-Майл-Айленд, которая произошла 28 марта 1979 года.
• Несмотря на то что фильм подаётся как приквел оригинальной трилогии (в отличие от картины Люди Икс: Первый класс), некоторые факты противоречат событиям первых фильмов. Например, в X2 становится понятно, что амнезия Логана — результат именно самой инъекции адамантия, а не последовавших событий.