Александр рад приезду Даниэля. Вскоре они вместе начинают исследовать привезенную Даниэлем сферу. Александр заставляет Даниэля провести ритуал ограждения - обряд убийства, который позволит сбить Тень со следа. Даниэль колеблется. Александр убеждает его, что жертва - преступник, подлый убийца. Протагонист совершает ритуал - Даниэль начинает считать благородным делом убийство преступников, которые могут послужить для его спасения. Жертв для пыток оказывается мало. Барон, его слуги и Даниэль похищают семью фермера Циммерманна, которые живут в соседней деревне Альтштадт. 19 августа девочка - дочь фермера сбегает из заточения. Даниэль приходит в ярость. Он гонится за ней, догоняет и убивает ребенка. Наконец Даниэль осознает все то, что он сделал, и то, что он делал до этого.

Даниэль узнает, что Александр не собирается спасать его. Напротив, барон решил оставить Даниэля на растерзание Тени, в то время как сам овладеет силой сферы, и пройдя через портал, открытый с помощью нее, вернется в свой родной мир - к своей возлюбленной. Даниэль жаждет мести. Однако, он больше не может сдвинуться с места - его душевные раны слишком глубоки. Он принимает решение выпить эликсир амнезии, и забыть все, чтобы отомстить.

Однако Александр не единственный, кому нужна сфера. Генрих Корнелий Агриппа, которого несколько веков держал в заточении барон, просит Даниэля помочь ему и пронести его через портал. Так он хочет воссоединится со своим учеником Йоганом Вейером - единственным, кто смог подчинить себе мощь сфер и перейти в другие миры.

Геймплей

Игровой процесс Амнезии более «плавен» и дружелюбен для нового игрока по сравнению с предыдущими играми Frictional Games. Авторы сравнили его с геймплеем Penumbra: Black Plague, где боёв абсолютно не было, то есть, большую часть времени игрок исследует окружение, решает головоломки и защищается от врагов. ИИ противников автоматически подстраивается под умения играющего, но стычки в игре имеют категорически нежелательный характер. Взаимодействие с вещами благодаря новой версии физического движка усовершенствовано как в плане удобности, так и реалистичности. Эта часть геймплея практически копирует модель исполнения из предыдущих разработок студии.

Концовки игры

В игре всего 3 альтернативных конца. Они зависят только от действий игрока во время ритуала в святилище.

• Концовка Даниэля — Игрок должен немедленно раскачать все 3 столба, подпитывающих портал, до того, как Александр перейдёт в другой мир. Сразу же после этого Александр воскликнет «Ты убил нас, ты убил нас обоих!». В святилище врывается тень и, обнаружив, что столбы расшатаны, убивает Александра. Тень прекращает охоту и отпускает игрока.
• Концовка Александра — Если игрок не будет мешать ритуалу, то Александр после долгих речей перейдёт в иной мир. В святилище ворвется тень и попытается остановить Александра, но уже слишком поздно. Тень перекрывает Даниэлю путь к отступлению и убивает его. Альтернативно эту концовку можно получить, если просто подождать в камере, куда игрока поместят монстры-прислужники Александра, вместо того, чтобы пытаться сбежать оттуда.
• Концовка Агриппы — Игрок должен кинуть голову Агриппы в портал, когда он откроется. Портал сразу закроется и в святилище ворвется тень. Обнаружив, что столбы не расшатаны, а Александр не в ином мире, она убивает и Даниэля и Александра, но Агриппа и Вейер спасают Даниэля.