По возвращении в поместье, Ахиллес показывает Коннору «Аквилу», корабль, который он может использовать для патрулирования Восточного американского побережья. Так Коннор получает звание ассасина и скрытые клинки.

После герой решает убить всех заговорщиков. Сначала Коннор уничтожает чай в бостонском порту, чтобы ослабить силы Тамплиеров. Уильяма Джонсона герой убивает первым, так как он хотел приобрести землю, на которой живет народ Коннора, затем Джонатана Питкерна в битве при Банкер-Хилле. В Нью-Йорке находит Томаса Хики и узнаёт, что он готовится к покушению на Джорджа Вашингтона.

Коннор выслеживает Хики, однако, после короткой потасовки обоих бросают в тюрьму. Однако, Хики не задержали надолго, так как он освободился с помощью Хэйтема и Ли. Коннора обвиняют в заговоре с целью убийства Вашингтона, и он приговорен к повешению, но Ахиллес с учениками спасают Коннора, и герой убивает Хики. Опасаясь, что Тамплиеры по-прежнему хотят убить Вашингтона, Коннор встречается с ним, который сообщает ему, что были какие-то следы у старой церкви. Коннор приходит в церковь, но там встречает отца, который сначала хотел убить сына, однако договаривается с Коннором вместе найти и убить предателя Бенджамина Чёрча. После путешествия на Карибы, Хэйтем и Коннор находят его, и герой убивает тамплиера.

Рассказывая Вашингтону последние новости, Хэйтем обнаруживает письмо, в котором Вашингтон приказал уничтожение всех коренных племен. В письме, одно из племен принадлежит Коннору. По прибытии на помощь, Коннор узнает что Ли «подговорил» Коннора остановить наступление. Коннор нейтрализует соплеменников, чтобы избежать конфликта, однако ему пришлось убить своего близкого друга детства, Ганадогона, которого подговорил Ли.

После этого Коннор становится ещё более стремительным, размышляя, что необходимо убить и Ли, и Хэйтема. Коннор придумывает план, согласно которому американцы атакуют Нью-Йорк и форт с Ли и тогда он сможет проникнуть в форт. План срабатывает, и герой входит в форт, но обнаруживает Хэйтема, который сберег Ли. Коннор вступает в схватку с Хэйтемом и убивает его.

В настоящем, время от времени, Шон находит источники энергии, необходимые Храму, чтобы открыть проход. Сначала Дезмонд отправляется на башню в Нью-Йорке, а затем на стадион в Бразилии. И там и там, его преследует Дэниэл Кросс – убийца Абстерго и один из «кротов». Во время осмотра Храма, Юнона рассказывает Дезмонду о событиях, которые привели к первой катастрофе. Во время одной из таких лекций Дезмонд рассказывает, что Люси умерла от его руки, что Яблоко открыло ему, что она была тройным агентом и намеревалась принести Яблоко в Абстерго.

Когда Шон обнаруживает третий элемент, Уильям Майлс решает добыть его сам. Однако вскоре он был схвачен в плен тамплиерами и отправлен в офис Абстерго в Италии. Через видеообращение, доктор Уоррен Видик требует от Дезмонда Яблоко в обмен на жизнь Уильяма. Дезмонд решает спасти отца. Проникнув в лабораторию (где его держали в первой части), он снова сталкивается с Кроссом. От неминуемой смерти Дезмонда спасает эффект просачивания у Кросса (его разум был поврежден из-за опытов тамплиеров). Дэниэл убегает из комнаты в панике, но Майлс догоняет его и убивает своим скрытым клинком. При помощи Яблока, Дезмонд убивает Видика и спасает отца.

В прошлом Коннор преследует Ли. После подслушивания на корабле о встрече, Коннор находит Ли в Бостоне и вступает в погоню по горящему из-за ЧП кораблю. Наконец, Коннор и Ли падают из-за взрыва вниз, Коннор получает ранение, и Чарльз спрашивает Коннора, почему он продолжает упорствовать, ведь тамплиеров не уничтожить, и его отец тому пример. Коннор отвечает: «Потому что больше некому», и стреляет Ли в грудь. Тяжело раненный Ли сбегает во Фронтир.