В 1876 году Марти становится свидетелем того, как Эдна пытается поджечь бар (видимо такая у неё судьба — поджигать бары). Марти с Доком пытаются её остановить, но тут всех их останавливает Бьюргард Таннен, грозясь застрелить всех, кроме Марти, который спрятался за уже знакомой ему стойкой. С помощью некоторых комбинаций он складывает на огромную люстру с одной стороны (над Бьюргардом) мешок с песком, а с другой (над Эдной) бочку. Когда Таннен уже собрался стрелять, Марти сбросил на него мешок. Обрадованная Эдна тоже собралась было поджигать сено, но и её ждала участь Таннена, но уже в роли бочки. Отец Бьюфорда поднимается, но его тут же «отключает» Док. Марти с Доком спокойно всё обсуждают, пока не слышат, что Эдна сбежала на «своём» ДеЛореане. Оставив Бьюргарда лежать, Док и Марти догоняют Эдну, после чего Марти с помощью ховерборда устанавливает на её машине три устройства, позволяющие управлять ДеЛореаном Эдны с помощью ДеЛореана Дока, после чего они отправляют её в её время, да прямо в полицейский участок, где её берёт офицер Паркер. Альтернативный ДеЛореан исчезает

Вроде бы всё стало хорошо, но Марти так не считает. Он видит выходящих из здания суда Артура и Трикси и спешит предупредить Артура о том, что он должен будет жениться на Сильвии Мискин (Sylvia Miskin), а не на Трикси, но Артур уже сделал ей предложение, и она согласилась. Но Марти не исчезает. Даже ничего не чувствует! И тогда выясняется, что Трикси Троттер — не настоящее имя Трикси, а настоящее её имя как раз Сильвия Мискин. То есть это и есть бабушка Марти. Марти с Доком возвращаются в 15 мая 1986 года, где всё снова хорошо. Даже Эдна Стрикленд. Док дарит Марти книгу о МакФлаях. Эдна приводит Эйнштейна, за которым ухаживала в это время и Кида Таннена, с которым настолько сдружилась за время сидения в тюрьме, что вышла за него замуж и стала мачехой Биффу.

Только всё успокоилось, как в который раз появляется ДеЛореан, из которого выходит… Марти из будущего и просит Дока отправиться с ним, захватив Марти из настоящего, чтобы исправить будущее. В этот момент в воздухе появляется ещё один ДеЛореан. Синий. Из него выходит ещё один Марти и просит отправиться в его будущее. Наконец, появляется третий ДеЛореан, чёрный, третий Марти и тоже чем-то возмущается. Док и настоящий Марти в замешательстве. Они садятся в свой ДеЛореан и переносятся в другое время…

Несмотря на ожидание надписи «The End» («Конец»), после финальных титров нам показывают всё ту же многообещающую надпись «To Be Continued →» («Продолжение следует →»).

Геймплей

Игра представляет собой графический квест. Игрок управляет Марти, который взаимодействует в окружающим миром — предметами и персонажами, созданных в формате 3D — используя клавиатуру и мышь. Марти может изучать предметы, общаться с персонажами, начиная диалог, а также выполнять различные действия в зависимости от сюжета в конкретной сцене, чтобы разрешить загадку для дальнейшего прохождения.

Некоторые из предметов Марти может брать и хранить у себя, позже используя как подручные средства. В игре есть табло с указанием конкретной задачи, которую необходимо выполнить в данный момент, а также система поуровневых подсказок, начиная с намёков и заканчивая указанием конкретного действия для дальнейшего прохождения игры.

Кроме того, во второй части игры появилась функция обзора, управляемая стрелками на клавиатуре. Также в списке возможных фраз в диалогах появилось больше вариантов и функция промотки.