Чтобы остановить «Протокол 10» Бэтмен проникает на базу Стрэйнджа. Там Уэйн узнает, что на самом деле за строительством Аркхэм-Сити стоит Ра’с аль Гул, который намеревался взорвать Аркхэм-Сити вместе со всеми его обитателями. Ра’с аль Гул убивает Стрэйнджа, так как он ничем не отличается от других злодеев. Перед смертью, Хьюго активирует бомбу, которая была на базе. Бэтмен и Ра’с аль Гул успевают выпрыгнуть, за секунду до взрыва. В полете Ра’с аль Гул пытается убить Бэтмена, но погибает, проткнув себя своим же мечом. Неожиданно, на экране появляется сообщение Джокера, в котором он говорит, что похитил Талию’аль Гул и убьет её, если Бэтмен не явится на представление, устроенное клоуном, под названием «Бессмертный Джокер».

Бэтмен прибывает в театр, где Талия неожиданно убивает Джокера мечом. Она отдает Бэтмену противоядие. Бэтмен вспоминает всё, что произошло с ним по прибытии в Аркхэм-Сити. Он понимает, что его опять обманули. Кто-то стреляет в Талию сзади, убийцей оказывается Джокер. Это Талия украла лекарство, а не Харли Квинн, а значит, что Джокер по прежнему болен. Все это время клоуну помогал Глиноликий. Он притворялся Джокером. Бэтмен сражается с Глиноликим, и побеждает его с помощью криогенных гранат, которые ему дал Фриз. Бэтмен перекрывает путь к источнику бессмертия телом Глиноликого, после чего выпивает половину противоядия, оставив другую половину Джокеру. Джокер атакует Бэтмена сзади, и случайно разбивает пробирку с лекарством. Он в ужасе пытается выпить хоть что-то, но не получается. Джокер думает, что Бэтмен доволен тем, что злодей умрет. Но Тёмный Рыцарь говорит, что если бы у него был шанс спасти его, он бы сделал это не колеблясь. Джокер говорит что это действительно смешно, и умирает.

Бэтмен выносит тело Джокера из театра, и остолбеневшие бандиты просто пропускают его. Бэтмен выходит из Аркхэм-Сити, и встречает полицейских во главе с Джеймсом Гордоном. Бэтмен кладёт тело Джокера на машину. Гордон спрашивает Бэтмена о том, что произошло. Но герой молча уходит, игра заканчивается и начинаются титры.

В середине титров раздаётся голос из коммуникатора, уведомляющий Бэтмена о пропущенном звонке, имевшем место три часа назад, а затем слышен голос Джокера, который поёт песню «Only You (And You Alone)» группы The Platters и злобно хихикает в конце неё.

За Женщину-Кошку

Помимо игры за Бэтмена, в Arkham City нам предстоит играть за антигероиню Женщину-Кошку. Главной целью при игре за Кошку является совершение краж на территории Arkham City. Для совершения первой из них необходимо взломать сейф Двуликого, предварительно разобравшись с его людьми. Селина попадается с поличным в руки Дента, которой хочет её публично казнить, утопив в чане с кислотой, но, к счастью девушки, её спасает Бэтмен. Для следующей кражи воровке необходимо проникнуть в хранилище Хьюго Стрэйнджа, для чего не обойтись без суперзлодейки Ядовитого Плюща, с которой ей придётся сразиться. Памела первоначально отказывает в просьбе Селине, но в итоге соглашается ей помочь, в обмен на то, что воровка украдёт из хранилища необходимые Плющу образцы спор. Кошка успешно проникает внутрь хранилища, и собирается бежать с награбленным из Аркхэм-Сити, но отказывается от этой идеи, решая, что должна вернуть долг Бэтмену и спасти его от людей Стрэйнджа. Однако для этого ей приходится бросить свою добычу, вернуть которую она лишается возможности при взрыве хранилища.