• Мутанты-маги (Houdini splicer)

• Мутанты-пауки (spider splicer)

• Мутанты-поджигатели (nitro splicer)

• Большие папочки - громилы

• Большие папочки - рози

Старые противники претерпели небольшие изменения: они больше не носят маскарадные маски, громилы теперь нападают с гаечными ключами, стрелки, не представлявшие серьёзной опасности в первой игре, теперь способны наносить заметный урон, маги стали немного более живучи, пауки получили более жуткую внешность. При этом противники в целом стали встречаться реже, но их опасность возросла.

Новые:

• Мутант-зверь - Самые крупные, физические развитые и опасные мутанты. Очень сильные и выносливые, они издали забрасывают игрока всем, что попадется им под руку - обломками камня, мебелью, контейнерами, урнами. В ближнем бою наносят сокрушительные удары, от которых шатает даже могучего Папочку. Их трудно убить вблизи - мутант не дает времени атаковать, безостановочно атакуя противника огромными кулаками.

• Большой папочка - Румблер - Довольно редкостный тип Папочки. Когда мутанты начали сообща одолевать прежние, старые модели - Громил и Рози - был создан Румблер. У него нет Бура или Клёпкомета - он вооружен специальным гранатометом и мини-турелями. Скафандр Румблера создан почти с нуля, своим шлемом и основными характеристиками сильно отличается от уже существующих моделей. Румблер предпочитает дальний бой - раскидывать врагов гранатами и рассеивать их внимание авто-турелями.

• Серия Альфа - Самый первый созданный тип Папочки. Отличается более приближенными к человеческим пропорциям скафандром, с оригинальным шлемом-колоколом, таким же, как у главного героя. Все Папочки Альфа-серии были очень жестко закодированы на привязанность к одной-единственной Сестричке, каждый к своей. В будущем, это обрекло почти всю серию на вымирание - при смерти Сестрички привязанный к ней Папочка либо умирал, либо сходил с ума, либо впадал в кому. Вооружена Альфа-серия была серьёзно - эти Папочки могли использовать целый арсенал оружия - Клёпкомет, Пулемет, Дробовик, Гранатомет. В ближнем бою такой Папочка любит схватить врага за плечи и врезать противнику головой в прочном колоколе - это весьма болезненно.

• Старшая сестра - это повзрослевшие Маленькие Сестрички. Их злость растет вместе с ними - это очень, очень резкий и агрессивный противник. Старшие Сестры взяли на себя функцию Больших Папочек - они охраняют Маленьких Сестричек и используют их для сбора АДАМа, но они не "пасут" их все время, а приходят когда Сестричкам грозит опасность. Эти гибкие и таинственные существа, столь отличающиеся от неповоротливых Папочек, вдохнули новую жизнь в проект по сбору АДАМа. Спустя десять лет после событий в оригинальном BioShock, Старшие Сестрички вынуждены поддерживать баланс в Восторге. Их естественная близость с АДАМом обусловлена тем, что они с детства были с ним повязаны «напрямик». Этим и объясняется их сверхъестественная сила, использование мощных плазмидов. Старшие сёстры — ловкие существа, которые известны своим проворством. Они вооружены большими, установленными на руках спец устройствами с иглами, которое используется для нападений и извлечения АДАМа. Эти устройства напоминают иглу извлечения АДАМа Маленькой Сестрички. Они позволяют Старшей Сестре восстанавливать здоровье в бою с мутантами, и наносить большой урон иглами. На протяжении примерно десяти лет после событий BioShock, Старшие Сестры делали набеги на поверхность, где похищали маленьких девочек, которых в Восторге преобразовывали в новое поколение Маленьких Сестричек.