1) Харпер не получает ранения от огня.

2) Харпер получает ранение и следы от него будут заметны в течение всей дальнейшей игры.

Из собранных в Пакистане данных Дэвид, Харпер и Салазар отправляются на плавающий город Колосс для захвата кибер-оружия Карма. Туда же направляется и Дефалко. Группа поддерживает связь с агентом ЦРУ в окружении Менендеса Фаридом. Они проходят через КПП и убив двух наёмников, используют робота-паука Зигги, который отключает электростатический фильтр и получает скан сетчатки. После обнаружения паука группа после стычки с наёмниками находит центральный компьютер и «Сектор» ищет информацию о Карме. В результате поиска он понимает, что Карма это не оружие, а женщина. Мэйсон сообщают об этом Харперу, который находится в клубе Солар. Тот находит Хлою и сообщает ей об опасности, но она не верит ему. После ещё одной стычки с наёмниками Дэвид и Салазар разделяются. Мэйсон на лифте едет в клуб и находит Хлою с Харпером. Но Дефалко уже берёт заложников и Хлоя сдаётся ему. Затем Дефалко уходит и взрывает корабль. Дэвид с Харпеом и Салазаром бегут за ним, прорываясь сквозь наёмников «Кордис Ди» и дальше происходит следующее:

• Мэйсон догоняет Дефалко и убивает его.
  
• Мэйсон не успевает догнать Дефалко, и тот сбегает вместе с Хлоей.

Дэвид возвращается к Вудсу. Он рассказывает о событиях 1989 года.

Вудс и Мэйсон получили задание захватить Мануэля Норьегу в Панаме. По пути они встречают своего друга, который им помогает с заданием — Макнайтом. Они отправляются в город, где удачно захватывают Норьегу, но в то же время получают сообщение от Хадсона, в котором требует, чтобы Мэйсон и Вудс выполняли любые требования Норьеги, однако Мэйсон выполняет это с большой неохотой. Позже становится ясно, зачем Хадсон выдал такой приказ. Норьега знал о месторасположении цели «Нексус», которой был Рауль Менендес. Норьега, Мэйсон и Вудс пробиваются к точке сбора, где им выдают транспорт. Вудс и Норьега поднимаются на балкон многоэтажного здания, Вудс достает снайперскую винтовку и ждет появления цели. Два солдата выводят человека мешком на голове.

• Вудс может убить его выстрелом в голову.
  
• Вудс дважды ранит его выстрелами в ногу.
  

Почувствовав неладное, Вудс бежит к телу и обнаруживает, что он пристрелил своего лучшего друга Мэйсона.

Дэвид с пониманием относится к этому, однако он все же сильно шокирован — его отец умирает из-за хитро сплетенной игры Менендеса.

Вудс, лежащий на полу в некоем помещении, наблюдает следующую картину — Дэвид, еще ребенок, напоенный Менендесом и находящийся в полусознательном состоянии, сам Менендес и Хадсон, привязанный к стулу. Хадсон, опасаясь за жизнь мальчика, просит Менендеса убить его. Тот зверски убивает агента и уходит. Дэвид приходит в себя и бросается к телу отца.

Группа ОКСО переходит к решительным действиям: они сообщают Фариду, что время действовать. Он пробивается сквозь боевые действия к Менендесу, и обнаруживает и его, и самолет ОКСО. Менендес сбивает самолет и схватывает Харпера. Тут очередной выбор:

• Фарид убьет Харпера и выживет. Фарида в таком случае не станут обвинять, сославшись на безвыходность ситуации.
  
• Фарид попытается убить Менендеса, но он убивает его, Харпер остается жив и будет сопровождать Мэйсона на протяжении всех последующих миссий.

В следующей миссии Дэвид Мэйсон допрашивает Менендеса, но внезапно на корабль Барак Обама нападают наёмники. Менендесу удается каким-то образом бежать, оглушив Мэйсона. Тот приходит в себя и вместе с Салазаром вооружается и идёт в серверную к Бриггсу. По пути он встречает сильное сопротивление врагов, но подавив его, он восстанавливает управление кораблём и проверяет данные камер.