За десять лет до начала сюжета самой игры стра́ны с поверхности послали на остров армию вооружённых роботов (armed scout robots) с целью принести Корону Демона. Роботы были уничтожены, но и многие мимига пали в этой битве. Чтобы защитить самих себя, мимига начали выращивать Красные Цветы.

Хотя мимига питаются цветами, Красные Цветы для них опасны. В цветке содержатся два химических компонента: один вызывает моментальный мышечный рост и мутацию, другой же — галлюциноген, вызывающий полную потерю сознания. Считается, что именно он окрашивает цветы в красный цвет.

Через какое-то время один человек с земли всё-таки завладел Короной Демона, и роботы были повержены. Мимига в это время все ещё находились под воздействием красных цветов, и владелец Короны направил их в атаку на землю.

Квоут (безмолвный протагонист, чьё имя игрок узнает только при определённых усилиях с его стороны) и Кёрли Брейс были двумя особыми роботами, которых отправили на остров, чтобы уничтожить Корону вместе с её владельцем раз и навсегда. Их невиданные сила и ловкость позволили им ранить владельца, но победить его они не смогли — им стёрли память, самих роботов спрятали в разных пещерах парящего острова.

Незадолго до начала игры группа исследователей прилетает на остров на вертолёте. В её составе — учёная Моморин Сакамото, её дети Сью и Казума, профессор Бустер, инженер Итох и бортовой доктор Фуюхико Дэйт. Доктор знал о существовании короны и присоединился к группе только для того, чтобы попытаться её найти, чем он стал заниматься непосредственно после посадки вертолёта на остров. Начальная заставка показывает его в тот момент, когда он нашёл корону вместе с Мизери и Балрогом, двумя слугами короны, парящими в воздухе возле неё.

Как только Доктор завладел короной, он стал строить планы по захвату мира: заставил мимига выращивать и потреблять Красные Цветы, и направил армию обезумевших мимига на поверхность (землю). Остальные члены исследовательской группы не были согласны сотрудничать, и Доктор приказал их уничтожить. Прежде чем сбежать, Сью и Итох были превращены Мизери в мимига. Казума воспользовался телепортатором, но оказался в запертой комнате. Моморин Сакамото в страхе за свою жизнь повиновалась Доктору, и как только он нашёл Красные Цветы, она должна была быть сброшена с острова, однако она укрылась на Плантациях, в небольшой подземной лаборатории, где начала разрабатывать план по уничтожению доктора.

Сью спряталась в деревне мимига. Некогда густонаселённая, в тот момент деревня насчитывала всего шесть жителей из-за того, что Доктор забирал мимига для своих экспериментов, своей армии и работы на плантациях.

Игра начинается с того, как Квоут просыпается в подземной пещере неподалёку от деревни мимига.

Интересные факты

• Имена главных персонажей игры — Квот (Quote) и Кюрли Брэйс (Curly Brace) — означают в переводе с английского «кавычка» и «фигурная скобка». Эти символы часто используются в языках программирования, таких как C и C++ (на первом была написана сама игра).
• Имя «Дженка» взято из названия написанной финским композитором Руано Лехтиненем песенки «Летка-енка», которая играет в доме Дженки.
• В игре есть явные отсылки к серии Metroid и её создателям, такие как внешний вид медузы, из которой можно добыть Jellyfish Juice (самый настоящий метроид!), музыка, проигрываемая при получении Life Capsule, фамилия Sakomoto персонажей в игре.