Чейзер просыпается в тюрьме. Там с ним заводит разговор сокамерник по имени Джей, который называет Чейзера одним из лидеров сопротивления — повстанческой организации, борющейся за свободу Марса, а себя — его давним другом. За этой тюрьмой посредством камеры наблюдают Гомез и сам Лонгвуд — глава компании «Марскорп». Гомез: «Он(Чейзер) его вспомнил». Лонгвуд: «Да… Трюк с Фьорентино оказался хорошим решением. Посмотрим, что будет дальше…» А дальше Джей излагает Чейзеру план побега. Чейзер считает, что их наверяка прослушивают, но Джей успокаивает его, утверждая, что здесь камеры без микрофонов (это неправда).

План побега удался. Джей и Чейзер пришли в бар Сида — он тоже повстанец. Сид говорит Чейзеру, что Стоун был на станции «Маджестик», и что Стоун — лучший из людей Лонгвуда, а Чейзер — один из немногих, кто пережил встречу с ним. Сид докладывает, что на южном полюсе Лонгвуд ведёт строительство большого военного комплекса и фабрики по клонированию, а недавно в дополнение было создано «Тёмное око» — устройство, передающее человеческое сознание как радиосигнал и способное копировать сознание. То есть сознание хорошо обученного солдата можно передать сотням и тысячам клонов — так можно создать непобедимую армию. Но прототип будущей армии — Скотт Стоун был на Земле на неизвестном сверхсекретном задании, потому клонирование ещё не началось, но точно известно, что он недавно вернулся, а значит нужно действовать без промедления. Сид: «Теперь это не просто борьба за свободу Марса, это бой за выживание». План таков — уничтожить Лонгвуда, когда он будет ехать в поезде на южный полюс. Для этого понадобится взрывчатка «ТОПЕКС», которую можно взять на военном комплексе, в который можно проникнуть под видом техников, которые приезжают туда каждые две недели, чтобы проверить систему.

Повстанцы, подъехав на специальных машинах по поверхности Марса к военной базе, подверглись нападению — что-то их выдало. Чейзер, пока шли бои у ворот базы, проник в комплекс и захватил его. Повстанцы прошли в комплекс, а Чейзер, используя экзоскелет, вышел наружу защищать ворота от попытки солдат «Марскорп» вернуть себе станцию. После Чейзер с повстанцами отправились закладывать заряд «ТОПЕКСа» в железнодорожный туннель. Взрывчатка взорвалась как раз тогда, когда над ней начал проезжать поезд Лонгвуда.

Позже Чейзер с Сидом и Джеем, сидя в баре, праздновали победу над Лонгвудом. Теперь Джей, Сид и Джон Чейзер отправляются в повстанческий Штаб, находящийся на старой недостроенной российской базе в кратере Ломоносова, покинутой русскими, когда весь южный сектор обрушился. После того, как Чейзер с Джеем и Сидом вошли на базу, на них сзади напали солдаты «Марскорп». Джей умер сразу, Чейзер успел забежать за ящики, Сид, находящийся при смерти, активирует кнопкой пульта защитную автоматику и пулемёты уничтожают вражеских солдат. Находясь при смерти, Сид говорит Чейзеру, чтобы тот нашёл командование Штаба и сказал бы Кастору, что среди своих есть предатель.

Эпилог

Чейзер пробегает через этаж, напичканный защитной автоматикой, попутно уничтожая её. Далее, находясь в пути к командованию, является свидетелем перестрелок повстанцев, Красной Армии и солдат Лонгвуда. Бойцы «Марскорп» тотально проникли на базу. Уничтожая их, проделав долгий путь, Чейзер доходит до помещения, в котором, к его изумлению стоит живой и невредимый Лонгвуд с кучей охранников. И тут заходят ещё двое охранников, которые тянут с собой еле живого Командора Кастора. В процессе ожесточённой беседы Чейзера, Лонгвуда и Кастора выясняется, что это Кастор напал на «Маджестик», чтобы из мозга Чейзера не сосканировали секретную информацию о планах повстанцев. Также выясняется, что главный герой — Стоун. Лонгвуд: «Ты и есть Стоун! Я привёл тебя в этот мир как повстанца, жаждущего мести… Ты прекрасно справился с заданием. …Если бы армия Кастора не повредила твою память, ты бы справился с заданием гораздо раньше, а Гомез и Симако помогли бы тебе в этом…» По словам Лонгвуда, память настоящего Чейзера, убитого Стоуном, не была полностью сосканирована. Тогда было решено изменить внешность Стоуна и влить в него сознание Чейзера, но процесс прервался, и Стоун лишился памяти. В результате в Стоуне остались лишь туманные воспоминания обоих личностей. Кастор кричит Чейзеру (Стоуну?), что он не Стоун, а Джон Чейзер, а Лонгвуд блефует. Лонгвуд Чейзеру: «Твое место среди нас». В результате тот, кого ранее называли Чейзером, выстреливает в Кастора. Лонгвуд говорит, что можно было бы с его помощью отыскать оставшиеся повстанческие ячейки, но теперь всё равно повстанцев, оставшихся без лидера, будет нетрудно переловить, и Чейзер (Стоун) только что подписал их смертный приговор. Чейзер (Стоун) в ответ: «Или спас их, Лонгвуд… Я понял, что у тебя на уме.» По команде Лонгвуда «Держите Стоуна!» охранники его расстреливают и уносят. При этом Чейзер не выглядит мёртвым — он продолжает дышать и моргать. Не исключено, что его разум позднее использовали для наделения сознания клонированным бойцам с помощью «Тёмного ока».