Графика в Chrono Cross заметно улучшилась по сравнению с Chrono Trigger. Все битвы стали трёхмерными, а в остальных случаях используются 3D модели и отрендеренный двумерный фон. Игрок также может взаимодействовать со всеми персонажами в локациях; количество дополнительных квестов заметно возросло. В Chrono Cross предусмотрено использование специальных предметов: например, чтобы переместиться в параллельный мир, необходимо использовать Астральный амулет в определённом месте.

Монстры в игровых локациях теперь живут своей жизнью, то есть, битва начинается не случайным образом, а либо по сюжету (например, битва с боссом), либо при приближении игрока к монстру. Кроме того, монстр может даже выпрыгнуть из засады на отряд Сержа.

В Chrono Cross отсутствует одна важная для RPG деталь — у персонажей нет уровня развития. За каждую выигранное сражение члены отряда получают несколько очков здоровья, защиты и других параметров, а при победе над боссом игрок получает «звезду». Эти «звёзды» можно использовать для призыва в битве могучих существ.

Битва

Система сражения также претерпела значительные изменения, по сравнению с Chrono Trigger — предыдущей игрой серии. При встрече с врагом, отряд, как и раньше, переносится на отдельное «поле битвы». Битва происходит в пошаговом режиме, для каждого персонажа доступны следующие команды: Атаковать (Attack), Элемент (Element), Защита (Defend), Убежать (Run Away). Убитого в сражении персонажа можно воскресить; если погибли все члены отряда, то игра заканчивается (за исключением ситуаций, когда это предусмотрено сюжетом). Если игрок чувствует, что противник ему не по силам, то практически всегда можно убежать, использовав соответствующую команду Run away.

После каждой битвы параметры персонажа, такие как атака и защита, повышаются на несколько единиц. После нескольких битв параметры героев прекращают расти до следующей битвы с боссом. Как было упомянуто ранее, у персонажей нет уровня развития, но за каждую победу над боссом отряд получает «звезду», позволяющую использовать Элемент призыва.

Выносливость и физическая атака

У каждого персонажа в битве есть показатель выносливости, который снижается с каждым его действием. На начало битвы каждый персонаж имеет семь пунктов выносливости, за ход он может сделать определённое количество действий, например, несколько раз атаковать противника, либо атаковать и использовать Элемент — аналог заклинания. Выносливость постепенно восстанавливается, когда персонаж стоит в защите или когда ходят его соратники или враги. Те персонажи, у которых выносливость опускается ниже единицы, должны подождать, пока она восстановится. Использование Элементов снижает выносливость на семь пунктов, то есть, она может принять отрицательное значение.

Физическая атака в Chrono Cross имеет три степени урона: слабый удар, умеренный удар, сильный удар. Эти удары, в свою очередь, имеют определённую точность — слабый удар самый меткий, а сильный имеет наименьшую точность. Кроме того, сила наносимых ударов связана с выносливостью персонажа. Таким образом, можно нанести либо несколько слабых ударов, либо один сильный. Подобная система имеет как преимущества, так и недостатки, но определённо добавляет игре новизны.

Магическая атака

Элементы

В Chrono Cross нет магии как таковой — её замещает система Элементов. Элементы заменяют также потребляемые предметы и специальные способности персонажей. Вообще, система Элементов похожа на «материю» из Final Fantasy VII. Для использования в битве Элементы необходимо экипировать в специальную «сетку» Элементов. Некоторые Элементы можно использовать не только в битве — они называются расходными (то есть, использовать их можно ограниченное количество раз) и лечат персонажей, либо снимают различные отрицательные статусы. Один и тот же Элемент нельзя присвоить двум персонажам одновременно, если в инвентаре он только один. Если же в инвентаре находится два одинаковых Элемента, то их, соответственно, можно добавить в сетку Элементов двум персонажам (или два — одному и тому же). В результате использования такой системы, у персонажей нет очков магии (magic points), как во многих других РПГ. Элементы можно покупать в специальных магазинах, находить в сундуках или же получать за победу над монстрами.