Серж и Кид проникают в особняк Вайпера — вымышленную резиденцию генерала Вайпера (Viper, 蛇骨, Дзякоцу) и главную базу драгунов — в поисках Замёрзшего пламени. Им помогает, в зависимости от выбранного варианта развития событий, известный музыкант Никки (Nikki, スラッシュ, Сурассю), самопровозглашённый герой Пьер (Pierre, ピエール, Пиэру) или таинственный маг Гуил (Guile, アルフ, Аруфу). Тем не менее, друзья не находят в особняке Замёрзшего пламени и, в итоге, им приходится убегать от драгунов и Линкса, жаждущего поймать Сержа.

Впоследствии драгуны помогают команде Сержа, когда в Эль Нидо втограется нация Порр под руководством Норриса (Norris, イシト, Исито), который тоже ищет Замёрзшее пламя.

История

История Chrono Cross разворачивается на вымышленном тропическом архипелаге Эль Нидо (El Nido, エルニド, Элнидэ), населённом как людьми — коренными жителями и иммигрантами с материка — так и звероподобными разумными существами, «полулюдьми». Действие игры происходит в 1020 году нашей эры по вымышленному летоисчислению, через несколько лет после событий Chrono Trigger. Серж, главный герой игры, проваливается в червоточину между мирами и оказывается в другом измерении. Здесь он встречает девушку-воровку Кид. В поисках легендарного артефакта — Замёрзшего пламени — они проникают в особняк Вайпера, где Серж узнаёт, что Вселенная разделилась на два параллельных мира. В одном — Ином мире — он утонул десять лет назад, а в другом — Родном — остался жив. С помощью Астрального Амулета Кид, Серж может путешествовать между мирами.

В конце концов, Серж попадает в форт Драконию, где преследующий его Линкс — человекообразная пантера — устраивает Сержу ловушку и с помощью артефакта под названием «Слеза дракона», меняется с ним телами. Кид, не заметившая подмены, доверяется Линксу в теле Сержа, и он ранит её кинжалом. Беспомощный побеждённый Серж ничего не может сделать, и Линкс отправляет его в загадочное вневременное место под названием Мироворот. Линкс промывает мозги Кид, заставляет поверить, что Серж (в теле Линкса) — её заклятый враг. Тем временем Сержу удаётся выбраться из Мироворота с помощью загадочной девушки Арле. Он обнаруживает, что соединяющая миры червоточина перекрыта и решает вернуть своё тело, а также выяснить, почему произошло разделение миров десять лет назад. Серж отправляется в таинственное Мёртвое Море — застывшую во времени область Эль Нидо, наполненную руинами из далекого будущего. Здесь он встречает человека по имени Мигель (отец его подруги Лины, как он выясняет в дальнейшем). Он, а также призраки Хроно, Лукки и Марл, персонажей из Chrono Trigger, которые охраняют Мертвое Море по заданию глобальной системы, суперкомпьютера, который называется Судьба. Они объясняют Сержу, что факт его существования обрекает Родной мир на полное уничтожение. Пытаясь защитить Замёрзшее пламя, Судьба уничтожает Мёртвое Море, но команду Сержа неожиданно спасает Небесный дракон, один из шести Богов-драконов Эль Нидо.

Вернувшись в Иной мир, Серж объединяется с драгунами Акации против империи Порр, вторгшейся на архипелаг, и находит Слезу дракона, с помощью которой он возвращает своё тело, в буквальном смысле перерождаясь. Затем юноша попадает в Море Эдема, эквивалент Мёртвого Моря в этом измерении, где находится институт изучения времени, называемый Хронополис (Chronopolis, クロノポリス, Куронопорису). Линкс и Кид уже внутри; Сержу удаётся победить его и Судьбу, дав возможность шести драконам Эль Нидо захватить Замёрзшее пламя и перенести его в башню Терра — гигантское сооружение, поднятое со дна моря. Кид падает без сознания, а Арле навсегда прощается с командой Сержа и улетает с драконами. Затем Серж получает меч Масамунэ, который фигурировал ещё в Chrono Trigger. Сила меча позволяет ему спасти Кид и вывести её из комы. Затем, с помощью драконьих артефактов и осколков Слезы дракона, он создаёт мистический элемент Хроно Кросс, являющийся результатом смешения шести основных сутей.