В Chrono Cross также была изменена система боя — разработчики ввели шкалу выносливости и Элементы. Масато Като хотел создать систему, которая позволила бы игрокам получать достаточно опыта без участия во множестве однообразных битв (то есть систему, которая не требует долгой и скучной прокачки героев). Хиромити Танака сравнил использование Элементов с карточной игрой, надеясь, что игроки почувствуют полный контроль над течением битвы. Като планировал, что действие игры будет разворачиваться на небольшом архипелаге, так как перемещение по большой карте мира, с учётом параллельных миров, могло бы показаться игрокам сложным. Для создания локаций разработчики моделировали их в 3D, а затем искали наилучший угол для рендеринга. Программисты не использовали никаких уже существующих программ или наработок для создания игры; они написали собственную систему. Другим нововведением было использование кода с переменной кадровой частотой для ускорения или замедления всех действий в игре (такая возможность даётся игроку в качестве бонуса после прохождения игры), а также «чтение диска с переходом» для быстрого доступа к данным.

Масато Като написал основной сюжет игры, оставив работу над второстепенными событиями и персонажами другим сценаристам. Иногда им с трудом удавалось связать второстепенный сюжет с основным из-за сложности идеи параллельных миров. Като подтвердил, что в Cross за основу взята тема параллельных миров, а также судьба принцессы Шалы, о которой ему не удалось рассказать в Chrono Trigger. Показывая в финальных титрах Кид из реальной жизни, которая кого-то ищет, он пытается дать понять игрокам, что разные варианты развития будущего, разные возможности есть и в их собственной жизни, что это «не окончится… с завершением игры». В дальнейшем он добавил: «Перефразируя слова одного известного писателя, важно не сообщение, которое ты хочешь донести, или тема, а как то, как это представлено в игре. Даже в Cross самый важный вопрос был намерено оставлен без ответа». Законченный сюжет Като описал как «тип истории, в которой мальчик встречает девочку» с немного запутанными событиями. Square рекламировала игру, выпустив короткую демоверсию первой главы, включенную в издание игры Legend of Mana. Официальный релиз игры в Японии состоялся 18 ноября 1999 года. Перевод Chrono Cross для североамериканской версии занял три месяца, а отладка — ещё два. Ричард Ханивуд совместно с Като переписал некоторые диалоги, чтобы они лучше воспринимались англоязычными игроками. Он также добавил игру слов в некоторых диалогах и переработал их, чтобы англоязычные игроки смогли лучше понимать японские шутки.

Музыка

Музыку для Chrono Cross написал композитор-фрилансер Мицуда, ранее работавший над Chrono Trigger. Директор Като самолично нанял Мицуду, сказав, что игре требуются «мелодии Chrono». Като хотел, чтобы в игре был «привкус юго-восточной Азии, смешанный с мелодиями других стран, таких как Греция»; Мицуда, в первую очередь, основывался на культурных веяниях Старого Света, включая кельтскую музыку, мелодии Средиземноморья, Фаду и африканские барабанные ритмы. Мицуда так описывал источники своего вдохновения: «Все мои мелодии взяты из реальной жизни. Я люблю подобную творческую деятельность». Чтобы подчеркнуть тему параллельных миров, он окрасил музыку Родного и Иного миров в мажорные и минорные тона соответственно, надеясь, что игроки почувствуют переданные в музыке эмоции «горящей души, одинокого мира и незабываемых воспоминаний». Мицуда и Като писали музыку, опираясь на принцип «немного звуков, но с глубоким смыслом».