Концовок у ГСБ две в последней миссии вам предлагают использовать тиберивое оружие и у вас есть выбор использовать ,что приведёт к цепной реакции и уничтожит всё на карте и вам засчитается победа или отказаться и воспользоваться своими силами.

Фракции

Глобальный Совет Безопасности (ГСБ)

Внутренняя структура и организация ГСБ напоминает крупномасштабную интеграцию всех основных армий современного мира в единую всемирную военную силу. ГСБ способна мгновенно перебросить огромные количества хорошо обученных и хорошо вооружённых солдат, которых поддерживают мощные наземная и воздушная техника в любую точку мира. Войска ГСБ в бою используют превосходящую огневую мощь и броню, делая их более мощными, чем войска Нод в битве лицом к лицу, но всё же являются более громоздкими и менее гибкими, чем Братство, постоянно пользующееся новыми разрабатываемыми способами партизанской войны и уникальными тибериевыми технологиями. В 2047 году структура войск ГСБ была изменена, чтобы позволить проводить децентрализованные операции на нескольких военных аренах одновременно. Они могут построить передовую базу на любом типе ландшафта. Войска поддерживает самая продвинутая сеть орбитальной артиллерии в истории. Их сверхоружием остаётся ионная пушка на орбитальном спутнике, которая в отличие от предыдущей игры перестала играть роль «хирургического удара» наоборот: она стала способной разрушить целую вражескую базу одним выстрелом наравне с ядерным ударом.

Братство Нод (Brotherhood of Nod)

Войско Братства представляет собой гибкую, неуловимую и культовую армию процветающей на синергии низкотехнологической партизанской войны и высоко-обученных войск, оборудованных сверхсовременными устройствами связи и самыми продвинутыми оружейными системами, которые были выведены из уникального понимания Братством военных технологий, основанных на тиберии. Тактики очень радикальны и выглядят более жестокими чем тактики ГСБ, чаще всего Нод действует не считаясь с жертвами. Их религиозное восхищение тиберием также приводит к использованию опасных и токсичных веществ при любой возможности. Также, Братство полностью отвергает правила содержания военнопленных описанные в Женевской конвенции 1949, так как их врагом являются неверные, а следовательно не заслуживающие человеческих отношений. В игре, войска Нод обычно слабее войск ГСБ или Скринов в открытом бою, но могут использовать гибкие стратегии и совершенные тактики «из-за угла» чтобы управлять скоростью битвы. В качестве сверхоружия Братство использует ядерный удар.

Скрины

Новая фракция в игре. Эти пришельцы известны только как Скрины, пришедшие собрать все залежи тиберия на Земле. Они долгое время оставались неизвестными для землян, лишь один раз посетив Солнечную систему. Скрины являются подродом других инопланетян, которые откололись от общей расы. Будучи ещё колонией, скрины заразили множество планет тиберием, дабы затем использовать их как огромные батарейки для своей машины войны. Тиберий, закончив своё созревание, превращался в жидкость и детонировал, что впоследствии и являлось знаком для скринов: массивный взрыв жидкого тиберия под главным храмом Братства, спровоцированный Кейном, призвал Скринов. Приблизившись к Земле, они были удивлены присутствием вооружённого местного населения, борющимся с растущим тиберием. Они начали массивную атаку на человеческие города, застав ГСБ и Нод врасплох. Войска и здания Скринов имеют явно биомеханический и насекомоподобный вид, и имеют несколько экономических и военных преимуществ, напрямую связанных с тиберием, включая способность ускорить рост этого вещества, хранить его в неограниченных количествах и использовать его, чтобы улучшить работоспособность их войск и оружия. Войска Скринов имеют мощнейший воздушный флот, включая достаточно многофункциональные истребители «Буревестник» (Stormrider), артиллерийские корабли «Разрушитель» (Devastator Warship) и универсальные корабли-авианосцы «Планетарный Штурмовик» (Planetary Assault Carrier), способные генерировать локальные ионные бури. Эта фракция также может создавать червоточины и мгновенно телепортировать войска в любую точку поля боя. Скрины также могут вызвать огромный Корабль-матку, имеющий сверхмощное Catalist Cannon, способное уничтожить любое здание под кораблём и создающее цепную реакцию, передающуюся на всё близнаходящееся. Таким образом, благодаря всего одному удачному выстрелу, возможно разнести в щепки всю базу и даже больше. В игре их сверхоружие — «Генератор Искажения», создающий пространственно-временную дыру, которая засасывает всё вблизи в открытый космос.