В конце кампании Альянса начнётся видеоролик, где после победы, Юрия сажают в Пси-изолятор (последнее изобретение Эйнштейна). Генерал Карвилль будет поздравлять игрока, а тем временем начнётся соединение временных линий. Дальше все происходит как в начальном ролике — Президент нервно заходит в кабинет на пресс-конференцию с Евой, но на экране вместо Юрия появляется… Карвилль. Президент в глубочайшем недоумении садится на своё кресло. Затем Таня Адамс на фоне вертолётов появляется в вечернем платье, приглашая игрока на президентский праздничный банкет, затем появляется Ева в более шикарном белом и тоже приглашает игрока.

Кампания за СССР

Первые приказы игроку в советской кампании будут поступать от заключённого в тюрьму премьера Романова, связь с которым установит лейтенант София. Кроме устранения угрозы Пси-Доминаторов и избавления от предателя Юрия, игроку предстоит захватить машину времени и гарантировать победу Советского Союза в войне против союзников.

В первой миссии игрок отправляется в Сан-Франциско, где самолёты ВВС США успели повредить ядерный реактор Юрия. С помощью Бориса игрок должен разрушить американскую базу, чтобы захватить машину времени и несколько электростанций для её питания. Однако первый запуск оказывается неудачным — игрок попадает в меловой период, ему необходимо сдерживать Тиранозавров до тех пор, покуда машина времени не перезарядится. После этого игрок наконец-то возвращается к первому советскому вторжению в Сан-Франциско и препятствует строительству Пси-доминатора на острове Алькатрас.

После успешного выполнения первой миссии вернувшиеся в прошлое советские офицеры информируют Романова о предстоящей измене Юрия и вторжении союзников. Премьер отправляет часть советских сил в Германию на уничтожение лаборатории Эйнштейна, в которой ведётся работа над хроносферой.

Однако Юрию удаётся сбежать. К тому же он уже построил Пси-доминатор в Лондоне и захватил под контроль расположенную в там армию союзников. В третьей миссии Игрок с помощью Бориса должен разрушить Пси-усилитель, установленный в центре базы союзников. После этого на связь выходит специальный агент Таня, которой американское командование поручило то же самое, и предлагает объединить усилия против общего врага. Используя обе базы и обоих героев игрок разрушает базу Юрия.

Юрию удаётся сбить самолёт премьера Романова над ливийской пустыней, однако самому премьеру удаётся катапультироваться. В четвёртой миссии игрок должен найти Романова (который весьма неплохо проводит время в одном увеселительном заведении) и доставить его в аэропорт. А для этого нужно разрушить базу Юрия, расположенную возле этого аэропорта.

Прибыв в Кремль, Романов отдаёт новые распоряжения по уничтожению подводного флота ядерных субмарин, над которым Юрий начал работу на одном из безымянных островов Тихого океана. После уничтожения вражеской базы выясняется, что на ней находится космическая ракета для полета на Луну..

В шестой миссии игрок отправляется на Луну, где, используя очень ограниченные силы, должен уничтожить три вражеские базы, одна из которых является командным центром Юрия, тем самым лишив Юрия убежища.

Премьер Романов поздравляет игрока со вступлением в ряды космонавтов и приказывает уничтожить последний оплот Юрия в Трансильвании. Выполнение седьмой миссии осложняет наличие двух баз — американской и советской. С помощью Пси-доминатора Юрий взял их под свой контроль и атакует игрока, комбинируя подчинённые войска различными способами.