2.1) Погоня за Джо (уровень на мотоциклах). Босс — Джо (бой с видом спереди).

2.2) Научный центр (уровень на самолёте). Босс — робот-строитель.

3) Свалка. Босс — хакер Нойман Каскад.

3.1) Арена. Игрок сражается с тремя боссами и получает концовку 6.

4) Джунгли. Босс — Джо или беспилотный робот (в зависимости от первой развилки). Далее — вторая развилка.

5.1) Бой с профессором-предателем. Босс — супермутант.

5.2) Космическая станция (концовка 2).

5.3) Военный поезд. Босс — робот, напоминающий Майкла Джексона.

6.1) Логово Чужого (концовка 1).

6.2) Море (уровень на мотоциклах-трансформерах). Босс — робот-трансформер.

6.3) Бункер Бахамута (концовка 4).

7) Остров Бахамута (концовки 3 и 5).

Концовки

Всего в игре шесть концовок с различным набором уровней и разными боссами в конце каждой из концовок:

1. Логово Чужого. Финальный босс — сердце Чужого. Полковник Бахамут убегает, обещая, что в следующий раз всё будет иначе. Требования: отправиться в погоню за Одноглазым Джо, сражаться с Профессором.

# Космическая база. Финальный босс — супермозг. Герои жертвуют собой, но спасают мир. Требования: отправиться в погоню за Джо, сдаться Профессору.

1. Ракета. Финальный босс — инопланетный мутант. Герои спасают мир от глобальной катастрофы. Требования: отправиться на помощь в Научный центр, сражаться с Профессором, сражаться с Бахамутом.

# База Бахамута. Бахамут вводит себе клетки Чужого и превращается в жуткого мутанта, который и является финальным боссом. Требования: отправиться на помощь в Научный центр, сдаться Профессору.

1. Уровень перед ракетой. Герои становятся на сторону Бахамута, и они вместе захватывают мир. Требования: отправиться на помощь в Научный центр, сражаться с Профессором, принять предложение Бахамута.

# Арена. Герои побеждают трёх роботов и перемещаются на миллионы лет назад, где становятся доминирующей формой жизни. Требования: на третьем уровне влезть на стену и принять предложение человека в шляпе.

Боевая система

Оружие в Contra Hard Corps более разнообразно, чем в предыдущих частях. Каждый герой имеет свой собственный набор вооружения. Обозначается оно первыми буквами латинского алфавита: A, B, C, D. Дополнительно, каждый игрок может подобрать гранату, а позже её использовать — при этом всем противникам на экране наносятся большие повреждения. Каждое оружие имеет два режима стрельбы. Любой персонаж начинает игру с единственным оружием, пулемётом, для которого можно подобрать улучшение.

Также в этой игре появился важный элемент — подкат. Во время выполнения подката персонаж становится полностью неуязвимым. Многие атаки оппонентов и боссов возможно избежать только подкатом. В прошлых сериях герои двигались довольно медленно, а теперь подкат — одна из составляющих динамизма Contra: Hard Corps.

В игре есть артиллерийский режим. Для его активации нужно нажать А+В. В артиллерийском режиме герой не может идти и стрелять одновременно. Этот режим нужен, чтобы стоять и стрелять вертикально вниз (вместо того, чтобы лежать и стрелять вперёд), а также стрелять по диагонали, стоя на месте.

Различные версии

В Европе игра называлась Probotector. Кроме изменённого названия все персонажи, помимо и ранее присутствовавшего робота Browny, стали роботами, все имена персонажей, включая робота Browny были также изменены. Роботом также сделали Командующего Дойла, который отдавал приказы перед первыми уровнями и других «живых» персонажей. Игровой процесс остался без изменений, за исключением того, что в европейской версии давалось всего 4 продолжения, вместо пяти в американской версии.