В игре есть зоны с отсутствующей гравитацией и зоны в разгерметизированных отсеках корабля. В зонах без гравитации у Айзека включаются магниты на сапогах, что позволяет ему перемещаться обычным способом. Однако, он может на время отключить их и совершить прыжок в каком-либо направлении, переместившись, например, на потолок или боковую стену. Для прохождения разгерметизированных зон необходим запас кислорода; Айзек может запасаться несколькими баллонами с ним. В некоторых таких зонах присутствуют стационарные неограниченные источники кислорода. Запаса хватает только на определённое время, и если кислород закончится, то Айзек умрёт. В вакууме звуковые волны не распространяются и окружающие звуки в таких местах отсутствуют, за исключением глухих ударов по скафандру.

Также в игре практически нет заставок — все кат-сцены интерактивны. Присутствуют «верстаки» и «магазины», в которых можно улучшать, закупать и продавать снаряжение. Также снаряжение есть в некоторых ящиках, шкафчиках и трупах поверженных противников.

Музыкальное сопровождение игры может меняться в зависимости от обстоятельств, например, при виде противника или в опасных местах. Сам Айзек не разговаривает и обычно молчит, лишь изредка ругаясь и вскрикивая.

Мини-игры

В игре присутствуют две мини-игры, которые не влияют на сюжет, но позволяют получить дополнительные предметы и патроны. В обеих мини-играх необходимо зарабатывать очки, и в них есть несколько уровней сложности.

Первая мини-игра является тиром, в котором нужно стрелять по мишеням в виде людей. Мишени делятся на красные и синие: попадание в красные увеличивает количество очков, попадание в синие уменьшает. Патроны при стрельбе не тратятся. Вторая мини-игра называется зи-болл и находится в помещении в невесомости. Помещение имеет вид цилиндра, на боковой поверхности которого симметрично и параллельно оси цилиндра расположены четыре ряда небольших площадок по три в каждом. На одном из оснований цилиндра расположены четыре отверстия; из одного из них выбрасывается мяч. После его выброса часть площадок начинает подсвечивается, и игроку необходимо прыгать на них, за что даются очки, а площадки перестают подсвечиваться. После погашения всех подсвеченных площадок необходимо с помощью кинезис-модуля кинуть мяч обратно в одно из отверстий, после чего он снова будет выброшен, и некоторые площадки снова будут подсвечиваться. На всю игру отводится определенное время, кроме того, во время игры отверстия могут на некоторое время закрываться крышкой.

Снаряжение

Для того чтобы купить необходимое оружие, боеприпасы или снаряжение, необходимо найти схему для них.

1. ИКС (RIG)(Индивидуальный Комплект Самообеспечения) — внутренний ИИ скафандра персонажа. Обеспечивает связь, воспроизводит различные аудио- и видеофайлы. Улучшается с помощью верстака.

# Скафандр — является основной броней Айзека, предназначен для ношения инженерами, выступает в роли костюма химической и радиационной защиты. Имеет систему замкнутой циркуляции воздуха, а также магнитные ботинки для того, чтобы передвигаться в условиях невесомости. В игре имеется шесть моделей скафандра.

1. Стазис-модуль — устройство для замедления объектов. Требует подзарядки. Может быть улучшен на верстаке.

# Кинезис-модуль — устройство для перемещения объектов. Тоже может быть улучшен на верстаке. Не требует никакой подзарядки.

1. Аптечка — три вида: малая, средняя, большая. Восстанавливает соответствующее количество здоровья.

# Воздушный баллон — скафандр Айзека оснащен замкнутой системой циркуляции воздуха, что позволяет ему определенное время находиться в безвоздушном пространстве, однако запас кислорода требуется пополнять. Запас кислорода может быть увеличен. Существует 3 вида воздушных баллонов: малый, средний и большой.