В сцене после титров звучит разговор персонажей Deus Ex — Боба Пейджа и Моргана Эверетта — с Меган Рид, перекидывающий мостик между приквелом и первой игрой серии.

Персонажи

• Адам Дженсен (Adam Jensen) — главный герой игры, начальник службы безопасности «Шариф Индастриз», в результате получения тяжелых травм оказавшийся носителем имплантатов. Позже выясняется, что Дженсен обладает особой генной мутацией, препятствующей отторжению имплантатов. В русской версии озвучивает Артем Кретов.
• Дэвид Шариф (David Sarif) — основатель и генеральный директор компании «Шариф Индастриз». Если Дженсен решает уничтожить «Панхею», Шариф погибает во время самоуничтожения станции. В русской версии озвучивает Радик Мухаметзянов.
• Меган Рид (Megan Reed) — возлюбленная Дженсена, руководитель одного из научных отделов компании Дэвида Шарифа. В русской версии озвучивает Елена Чебатуркина.
• Фрэнсис «Фрэнк» Притчард ( Francis «Frank» Pritchard) — глава отдела технической безопасности «Шариф Индастриз». Недоброжелательно относится к Адаму и любит его подколоть, однако ближе к концу игры оказывается единственным человеком (исключая Малик), которому Дженсен может доверять.
• Фарида Малик (Faridah Malik) — пилот компании «Шариф Индастриз». Если Дженсену не удается спасти её, погибает во время крушения в Хэнша. В русской версии озвучивает Ольга Кузнецова.
• Уильям Таггарт (William Taggart) — основатель «Фронта человечества», один из самых ярых противников технологии имплантатов. Как и Шариф, может погибнуть, если Дженсен уничтожает «Панхею».
• Хью Дэрроу (Hugh Darrow) — создатель технологии имплантатов, нобелевский лауреат, давний друг Дэвида Шарифа. Может погибнуть на «Панхее». В русской версии озвучивает Борис Репетур.
• Чжао Юньжу (Zhao Yun Ru) — генеральный директор «Тай-Юн Медикал», ведущей биотехнической корпорации в мире. Является финальным боссом в игре.
• Джарон Намир (Jaron Namir) — лидер группы наемников, напавших на штаб-квартиру «Шариф Индастриз» в Детройте. Намир — единственный человек в игре с имплантатами всех частей тела, кроме головы и позвоночника. Также является боссом игры, третьим по счету.
• Исайя Сандоваль (Isaias Sandoval) — член организации «Фронт человечества», один из помощников главы «Фронта», Уильяма Таггарта. На усмотрение Дженсена, может совершить самоубийство.
• Эзекиль «Зик Сандерс» Сандовал (Ezekiel «Zeke» Sanders) — бывший морской пехотинец, лидер экстремисткой организации «За чистоту», выступающей против имплантатов. Брат Исайи Сандовала Может быть убит Дженсеном в начале на фабрике «Шариф Индастриз» или в середине игры.
• Элиза Кассан (Eliza Cassan) — ведущая международной телевизионной компании «Пик». На самом деле к середине игры выясняется, что она не человек, а ИИ.
• Лоуренс Барретт (Lawrence Barrett) — наемник, один из участников нападения на «Шариф Индастриз». Является первым по счету боссом игры.
• Елена Фёдорова (Yelena Fedorova) — наемник из группы Намира. Как и Барретт, участвовала в похищении ученых «ШИ». Второй по счету босс в игре.
• Ари ван Брюгген (Arie Van Bruggen) — голландский хакер, нанятый Чжао Юньжу перед нападением на одну из фабрик «Шариф Индастриз». Если Дженсен отказывается помочь ему, ван Брюгген будет убит наемниками «Беллтауэр».
• Тонг Си Хунг (Tong Si Hung) — китайский мафиози, улицы Нижнего Хэнша фактически контролируются его людьми («сборщиками»).
• Василий Шевченко (Vasili Sevchenko) — украинский ученый, работающий в «Шариф Индастриз». Убит наемниками.
• Нархари Канн (Narhari Kahn) — командир наемников компании «Беллтауэр» в городе Хэнша.
• Уэйн Хаас (Wayne Haas) — бывший коллега Адама Дженсена, полицейский. В ходе операции под его командованием, Уэйн убил 15-летнего подростка, за что винит Дженсена. Если Адам убедил его выдать пропуск в полицейских участок, теряет работу. Дженсен может извиниться и предложить Уэйну место в «Шариф Индастриз», в противном случае Хаас нападёт на него и может быть убит.
• Брент Редфорд (Brent Radford) — частный детектив, работавший на Шарифа. Вёл расследование о прошлом Дженсена. Адам находит Брента тяжело раненным в его квартире.