В парижских катакомбах идут бои между Маджестик-12 и подпольной организацией «Силуэт». Там с Дентоном связывается другой ИИ, созданный Маджестик-12 — «Икар» (Icarus) и угрожает ему. Джей-Си находит Николетт Дюклэр — одного из лучших агентов Силуэта, мать которой состояла в иллюминатах и была знакома с Эвереттом. В заброшенном поместье Дюклэр они находят подземный коммуникационный центр и вызывают Эверетта, который отправляет Джей-Си за дополнительными данными о вирусе на базу Маджестик-12 в бывшем соборе тамплиеров. Там его перехватывает Гюнтер Германн, после битвы с которым Дентон скачивает данные и отправляется в штаб-квартиру иллюминатов. Оттуда Эверетт отправляет его на базу ВВС США Ванденберг, группа исследователей которой, известная как X-51, пытается создать свой Универсальный Конструктор.

База Ванденберг оказывается захвачена войсками Маджестик-12. Джей-Си освобождает её и встречается с лидером X-51 Гэри Саважем (Gary Savage), которому для завершения собственного УК нужны схемы из лаборатории Маджестик-12, расположенной на дне океана. Он отправляет за ними свою дочь Тиффани, после чего помогает подключить Дедала к компьютерной сети Пейджа в надежде получить информацию о Маджестик-12 и планах Пейджа. Однако сеть оказывается под контролем Икара и 2 искусственных интеллекта воссоединяются, создав новый ИИ — Гелиос (Helios), подконтрольный Пейджу. После этого Пейдж выходит на связь, сообщает, что Тиффани захвачена его войсками, и требует в обмен на её возвращение передать ему компоненты УК Саважа. В точке обмена Джей-Си спасает Тиффани, после чего отправляется вместо неё на батискафе в океаническую лабораторию. Но перед этим неизвестный агент иллюминатов совершает в ней диверсию, после которой там воцаряется хаос с включенными системами уничтожения всего живого и экспериментальными существами, вырвавшимися на волю. Дентон находит и загружает схемы, после чего Пейдж угрожает уничтожить Ванденберг ядерной ракетой, а в комплекс прибывает сам Уолтон Саймонс, оснащённый новейшими аугментациями. После победы над ним и возвращения из лаборатории Саваж предлагает перенаправить ракету на Зону 51, где находится главная база Пейджа. Джей-Си проникает на захваченную Маджестик-12 ракетную базу и отправляет ракету, после чего сам отправляется в Зону 51.

В бункере под Зоной 51 раскрывается конечная цель Пейджа. Он создал маршрутизатор Аквинас (Aquinas), позволяющий контролировать глобальную коммуникационную сеть. Он хочет перевести своё сознание в электронную форму и объединиться с Гелиосом, после чего посредством Аквинаса установить полный контроль над всем миром. В таком состоянии он сможет всё: узнавать о событиях в любой точке света, создавать любые объекты, даже новые формы жизни, с помощью сети Универсальных Конструкторов; станет бессмертным.

С Джей-Си связываются Морган Эверетт, Трейсер Тонг и сам Гелиос. Все они хотят остановить Пэйджа, но каждый предлагает своё решение проблемы. Эверетт предлагает передать Зону 51 под контроль Иллюминатов и дать им править миром невидимой рукой. Тонг просит разрушить Аквинас, уничтожив тем самым глобальную сеть и отбросив человечество в развитии на несколько веков назад, чтобы никому не удалось захватить власть над миром. Гелиос хочет интегрироваться с Джей-Си вместо Пейджа и начать идеальное, абсолютно разумное правление миром. Игрок может выбрать любой из этих способов. После каждого выбора идёт свой финальный ролик и цитата после него: