В системе боя произошло несколько значительных изменений. Наряду с имеющимися в Disciples: Sacred Lands возможностями нанести удар и отступить для каждого персонажа появилась возможность подождать — ход персонажа переносится в конец списка очередности для данного раунда, и защититься — пропустить ход в обмен на определённое количество единиц брони2013. Эти новые варианты действия заменили старую возможность пропустить ход. Также убрана возможность сдаться, потеряв отряд вместе с героем, но лишив противника возможности получить очки опыта за победу.

Классификация умений и героев

Как и в первой игре серии, в начале кампании игрок должен выбрать свой класс и портрет полководца. Бойцы игрока-военачальника восстанавливают пятнадцать дополнительных процентов здоровья каждый игровой день (итого — двадцать). Игрок-маг может использовать одно и то же заклинание дважды в ход, тратит вдвое меньшее количество маны на его изучение и ему доступны заклинания пятого уровня. У мастера гильдий воров — воры имеют больше возможностей, а улучшение городов возможно за половину цены.

В отличие от Disciples: Sacred Lands, где каждый герой может использовать только два предмета одновременно, в Disciples II у героя существуют ячейки для знамени, магической книги, волшебных сапог, два слота для артефактов, а также две слота для предметов, использующихся непосредственно в бою. Для использования большинства предметов необходимо изучить соответствующее умение при повышении уровня.

Герои по-прежнему разделяются на типы, в зависимости от применения: воин, маг, разведчик, носитель жезлов и вор. Воин — боец ближнего боя, изначально обладает знанием применения артефактов; маг способен бить по площади, умеет использовать магические сферы, посохи и свитки; разведчик — лучник (кроме нежити), быстрее передвигается и изначально способен использовать магические сапоги. Носители жезлов и воры сохранили особенности таковых в первой игре серии.

Магия

Система заклинаний аналогична предыдущей игре серии, набор заклинаний остался практически тем же, с небольшими исключениями. Значительно изменилась анимация всех заклинаний.

Заклинания по-прежнему можно использовать только на стратегической карте. Существуют те же четыре типа маны: мана жизни, рун, смерти и ада, что соответствует четырём игровым расам; изображения источников маны также были перерисованы. Как и прежде, заклинания низкого уровня расходуют только «свою» ману, но более сложные требуют комбинации вплоть до всех четырёх видов маны. За ход можно изучить одно заклинание, и по одному разу использовать уже выученные заклинания.

Магические свитки и посохи, которые может использовать любой герой с соответствующим умением — дополнительный ресурс тех же заклинаний, не зависящий от книги заклинаний игрока. В отличие от посохов, свитки одноразовые и не требуют затрат маны.

Импорт/Экспорт

В течение кампании игрок может переносить одного из героев и пять предметов (в Disciples: Sacred Lands было возможно перенесение трёх предметов) в следующее задание. В любой момент героя можно «экспортировать» (сохранить его данные в файл) для использования в отдельных сценариях и мультиплеере.

Прочие особенности

Значительно усовершенствована 3D-графика.

По сравнению с предыдущей игрой серии, улучшен искусственный интеллект противников — в Disciples II они способны оценивать свои шансы против героев игрока и отступать при явном преимуществе последнего. Также изменено поведение нейтральных отрядов на стратегической карте — при чрезмерном приближении к ним противника они могут атаковать сами.