Значительно усовершенствовано сюжетное наполнение кампаний. Кроме основного сюжет и реплик при взятии городов, имеющихся и в прошлой игре, почти в каждую миссию добавлены дополнительные задания и развернутые диалоги союзников и противников.

Стало возможным провести бой в автоматическом режиме. Также появилась кнопка расчёта исхода боя, позволяющего быстро закончить схватку.

Также появилась возможность изменять разрешение игры с 800×600 до 1024×768 или 1280×1024.

Сюжет

Сюжет игры состоит из четырёх кампаний (за каждую расу), по семь миссий в каждой. В отличие от первой части, сюжеты кампаний частично взаимоисключающие, хотя общая канва в них сохранена. Сюжет в целом продолжает историю Disciples: Sacred Lands. Примечательно, что имена Императора людей (Демосфена), и его наследника (Утера) впервые упоминаются в Disciples II, хотя эти персоналии играют важную роль в сюжете первой игры серии.

Предыстория

События предыдущей игры серии, Disciples: Sacred Lands, называются Первой Великой войной. Disciples II начинается через десять лет после завершения этой войны. Бетрезен умирает, Горные Кланы разобщены и ждут конца света, Империя терпит кризис — император Демосфен не занимается государственными делами, так как не может пережить потерю жены и сына Утера.

Империя

Со времен Первой Великой войны союз с гномами так и не восстановлен, император Демосфен отошёл от дел — и Империей фактически стал управлять аристократ Юбер де Лейли, из-за чего государство пришло в хаос и оказалось на пороге гражданской войны. Во множестве распространились тёмные секты и разнообразные пророчества, в том числе, и о пришествии спасителя Империи.

Глава одной из сект, Эрхог Тёмная, пыталась отравить императора, и, хотя её планы провалились, а она была убита, Юбер де Лейли, воспользовавшись моментом, предложил себя в качестве правителя Империи, и многие аристократы перешли на его сторону. Император решил заручиться поддержкой гномов, и в качестве жеста доброй воли приказал освободить из плена нежити дипломата Горных Кланов Слукарижжа Тёмного Камня. После его освобождения верховный король гномов Морок Небохранитель заключил с Империей союз. Вдруг начинают появляться слухи о возвращении наследника Империи Утера, пропавшего десять лет назад в Первую Великую войну.

Тем временем Юбер де Лейли идет на открытое противостояние Империи, желая взять власть силой. Слухи о возвращении Утера оказываются верными — мальчик, сопровождаемый отрядами гномов, добрался до земель Империи. Несмотря на предательство очередного аристократа, Филиппа д’Агинкура из города Финдар, Империи удается убить Юбера де Лейли, и Демосфен воссоединяется с сыном. Для своего возраста Утер невероятно силен и мудр, и отец поручает ему погасить восстания в южных городах. Внезапно Горные Кланы разрывают недавно заключённый союз. Морок Небохранитель повредился умом и приказал убить Утера. Смерти наследника ищут также пробудившаяся нежить и демоны Легионов Проклятых. Утер избегает всех опасностей и неожиданно жестоко расправляется с мятежниками. Он нисколько не жалеет о расторжении союза с гномами и презрительно смеется над «полулюдьми».

Тем временем пробудившаяся нежить атакует земли эльфов. Памятуя о долгой истории добрососедских отношений, Демосфен посылает эльфам на помощь свои войска. Эльфы с благодарностью принимают поддержку людей.