В игре

15 ноября 2145 года с Земли на Марс прилетел сопровождаемый телохранителем генеральный инспектор Эллиот Свонн, посланный советом директоров ОАК для расследования событий на базе, а также солдат пополнения (персонаж игрока). Между Свонном и Бетругером возник конфликт, в ходе которого Свонн обвинил Бетругера в незаконных экспериментах и грозился отстранить ученого от работы. Тем временем солдат знакомится с Марс-Сити (центральный сектор марсианской базы), встречается с командиром охраны, сержантом Томасом Келли, и получает свое первое задание: найти доктора Джонатана Иши, пропавшего члена научной команды Дельта. Пройдя по подземному уровню солдат отыскивает ученого в старом здании связи. Тот рассказывает ему о существовании дьявола в ином измерении.

За некоторое время до этого, Бетругер отнес Душекуб в Ад и привел в действие главный телепорт, благодаря чему демоны вторглись на Марс. Вторжение Ада на марсианскую базу вырвало из преисподней множество бестелесных погибших душ, пожравших души населения базы и сделавших их частью Ада, представленного многочисленными зомби и ужасающе изуродованными человекообразными организмами. Тех же, кто пережил первую волну вторжения, демонические силы пытаются выслеживать и деморализовать, устраивая ловушки и убивая людей по одному. Большая часть солдат, выживших после первой волны атаки, были уничтожены демонами и зомби.

Однако несколько человек выжили и при этой атаке, в числе которых оказались Свонн со своим телохранителем Джеком Кэмпбеллом и сам морпех, с боем прошедший по базе до центра связи, где в зависимости от решения игрока можно вызвать подмогу, либо послушать Свона и не вызывать её (в этом случае появившийся на экране Бетругер говорит, что сам вызовет подкрепления). Пытаясь воссоединиться с отрядом сержанта Келли в комплексе Дельта, солдат узнаёт, что Бетругер решил уничтожить вызванные десантником подкрепления, которые были на пути к Марсу, и использовать их корабли для того, чтобы демоны смогли проникнуть на Землю и завоевать её. В Дельте солдат обнаруживает, что солдаты сержанта превратились в монстров, а сам Келли связывается с солдатом и сообщает ему, что в комплексе Дельта слишком опасно и, что он идёт в ремонтные помещения. Продвигаясь по комплексу десантник находит выжившего — бывшего помощника Бетругера, доктора Йена Маккормика, от которого узнаёт о Душекубе и о портале в Ад, где был спрятан артефакт. Портал находился в 4 секторе комплекса Дельта.

Добравшись до 4 сектора комплекса Дельта, солдат находит Главный Телепорт, но Бетругер использовал технологию телепортации для перемещения солдата в Ад, где, как он надеялся, того ждет смерть от когтей и зубов орд демонов. Однако, солдат пробился через них и победил Стража, огромного безглазого демона, использующего меньших созданий, именуемых «искателями», для того, чтобы «видеть» врага. Страж хранил в себе Душекуб, который солдат забрал обратно на Марс, где он узнал, что хотя его действия и лишили Бетругера возможности использовать технологию телепортации, но демоны создали собственный портал в преисподнюю, они открыли проход между Адом и Марсом, расположенный неподалёку от места археологических раскопок.

Вернувшись на Марс, в комплекс Дельта, морпех продолжает сражаться с зомби и демонами и неожиданно натыкается на раненного Свонна. Тот сообщает ему что они с телохранителем подверглись нападению сержанта Томаса Келли и Кэмпбелл пошёл за ним. В Вычислительном Центре солдат находит и умирающего Джека Кэмпбелла, у которого сержант похитил BFG9000. Дойдя до некоего открытого объекта появляется Келли, которого Бетругер превратил в Саваофа. Справившись с бывшим командиром, морпех забирает BFG9000 и продолжает двигаться к раскопу.