Управление, предлагаемое по умолчанию, совершенно не соответствует современному стандарту управления в шутерах от первого лица, с использованием мыши для поворота и прицеливания, и раскладкой WASD для управления движением, однако после выхода первой версии игры многие игроки привыкли именно к такой раскладке, несмотря на наличие многочисленных настроек, позволяющих менять раскладку на любую удобную пользователю: в отличие от Wolfenstein 3D, в Doom можно выставить независимый одновременный прицел мышью (только по горизонтали, прицеливание по вертикали невозможно из-за ограничений движка) и стрейф клавишами при помощи штатных средств, что позволило игрокам в своё время играть в Doom параллельно с более поздними играми этого жанра, не сбивая рефлексов.

Инвентарь

В игре представлено множество разнообразных предметов, призванных облегчить игроку прохождение, включая оружие, патроны, дополнительную экипировку и бонусы с временным эффектом (power-ups, букв. «подъём силы»). Некоторые из них имеют инопланетное (или паранормальное, в игре нет однозначного ответа) происхождение и соответствующий вид.

Оружие

В игре представлено 8 видов оружия. Некоторое оружие имеет общий слот (место в инвентаре) с другим, выбирать оружие можно повторными нажатиями клавиши слота. Список в порядке следования слотов:

• Кастет (fist) — оружие ближнего боя. Удар кастетом может быть усилен в 10 раз бонусом «Берсерк» (berserk, см. ниже). Наносимый урон — 2—20 единиц урона (с «Берсерком» — 20—200 единиц). Занимает общий с бензопилой слот.
• Бензопила (chainsaw) — мощное оружие ближнего боя, эффективное против врагов, атака которых может быть легко сбита — это демоны, потерянные души, зомби, импы, а также какодемоны, манкубусы, арахнотроны и ревенанты. На высшем уровне сложности мало полезна. Наносит урон от 2 до 20 очков, по скорости сопоставима с кастетом при использовании бонуса «Берсерк».
• Пистолет (pistol) — базовое оружие. Имеет низкую скорострельность и очень малую мощность, всего 5—15 очков.
• Дробовик (shotgun) — весьма эффективное оружие в ближнем бою. Патрон содержит семь картечин, каждая из них наносит такой же урон, как и выстрел из пистолета. Картечины разлетаются горизонтальной линией. Максимальный урон — 35—105 очков урона.
• Пулемёт (chaingun) — очень скорострельное оружие, пригодное при ведении непрерывного огня для блокировки атаки некоторых монстров (ревенанта, манкубуса и др.) Используются те же патроны, что и для пистолета, с такой же убойной силой. Большой разброс при стрельбе компенсируется высокой скорострельностью.
• Ракетомёт (rocket launcher) — оружие, выпускающее относительно быстрые и достаточно мощные ракеты. При попадании в цель ракета взрывается, поражая объекты в пределах небольшого радиуса. Если разрыв ракеты происходит близко к стреляющему, то ударной волной может задеть и его самого. При точном попадании может нанести урон от 20 до 160 очков здоровья, взрывная волна — до 128. Повреждения от удара ракетой по цели и повреждения от её взрыва рассчитываются отдельно. Благодаря взрывной волне и высокой точности ракетомёт может использоваться в качестве оружия дальнего радиуса действия, особенно если враг расположен на фоне какого-либо препятствия.
• Плазмоган (plasma gun — «плазменное ружьё») — с большой частотой стреляет шарами плазмы невысокой мощности от 5 до 40 очков и с низкой скоростью полета, но с большой скорострельностью. Один выстрел из плазмогана тратит 1 единицу энергетического боезапаса (общего с BFG9000).
• BFG9000 (сокр. BFG) — самое сильное оружие в игре. Выстреливает большой зелёный плазменный снаряд, имеющий весьма большое и достаточно необычное разрушительное действие: на первом этапе сам снаряд наносит повреждение от 100 до 800 очков (прямое попадание), на втором этапе, после взрыва снаряда, появляется 40 невидимых лучей, наносящих случайные повреждения от 49 до 87 очков. Эти 40 лучей равномерно распределены внутри сектора в 90 градусов, причём вершиной сектора являются координаты игрока в момент взрыва снаряда, а биссектриса этого сектора сонаправлена вектору полёта снаряда. Таким образом, при хорошем умении обращения с BFG, игрок может, выбегая из-за угла, выстрелить в стену с таким расчётом, что шар попадёт в стену, а лучи поразят цели, которые будут в поле зрения игрока. Этот приём называется BFG aiming («прицеливание с BFG»). Один выстрел из BFG тратит 40 единиц энергетического боезапаса (общего с плазмоганом), так что максимального боекомплекта в 300 единиц (без рюкзака, см. ниже) хватает на 7 выстрелов, после чего BFG автоматически заменяется на наиболее мощное оружие, для которого есть боеприпасы.