На дамбе Нюкем встречает президента воочию и вынужден выслушать обвинения в свой адрес. Президент негодует из-за того, что главный герой устроил бойню и тем самым сорвал мирные переговоры с пришельцами. Дюк пытается спуститься вниз и перекрыть энергию инопланетянам, но на дамбе появляется огромный военачальник пришельцев, и герой вступает с ним в бой. Победив, Дюк спускается во внутренние помещения дамбы, где несколько раз видит издалека предводителя пришельцев — нового императора Циклоидов. Покатавшись на погрузочном каре и задавив несколько свинокопов, Дюк снова уменьшается, проходит через работающий генератор и обесточивает дамбу. Снова увеличившись, он встречает старого работника дамбы, управляющего краном, на котором Дюк вступает в схватку с огромным летающим осьмимозгом.

Проплыв через затопленные помещения дамбы, Дюк находит смертельно раненного Дилана, который отдает ему взрывные заряды, чтобы подорвать дамбу. Выплыв наружу, Дюк закладывает их под водой у подножия дамбы, где сталкивается с огромной Энергетической пиявкой. После того как она повержена, Нюкем взрывает дамбу и тем самым прекращает подачу энергии в портал пришельцев, который быстро закрывается. Выбравшись на поверхность, Дюк снова встречается с президентом, в ярости отдающим приказ нанести ядерный удар по дамбе, чтобы убить оставшихся пришельцев во главе с императором и самого Дюка. Однако прежде чем президент успевает улететь, сам император Циклоид выбирается из-под завалов и убивает его и его охрану. Дюк убивает императора, но несмотря на помощь генерала Грейвса, не успевает выбраться из зоны поражения уже сброшенной ядерной бомбы. Спутниковый снимок показывает гигантский кратер на месте дамбы Гувера, фотографию Дюка и статус — «Погиб в бою».

Однако после финальных титров показывается короткий ролик, в котором Дюк дает пресс-конференцию вскоре после победы над пришельцами. Ему задают вопрос: «Что вы собираетесь делать теперь, после спасения мира?», на который он отвечает: «Хочу стать президентом. Да здравствует король, детка!» На этом игра заканчивается.

Противники

На протяжении игры Дюк Нюкем встречает различных противников.

Обычные враги

• Головорез пришельцев — ящероподобное существо, элитная единица войск инопланетных захватчиков. Вооружен кромсателем.
• Штурмовик пришельцев — рядовой пришелец, участник вторжения. Наиболее распространенный и наименее опасный противник. Может использовать реактивный ранец, вооружен лазером.
• Капитан пришельцев — носит броню и металлический шлем. Также имеет возможность телепортироваться с помощью специального устройства, использует реактивный ранец. Вооружен лазером капитана.
• Командующий пришельцев — левитирующий на специальном устройстве пришелец. Очень опасный и серьёзный противник. На расстоянии атакует ракетами, в ближнем бою давит массой и режет ножами. Единственный, кто показывает знание человеческого языка.
• Свинокоп — мутировавший гибрид свиньи и полицейского. Инопланетянином не является. Обыкновенный свинокоп обычно обладает оружием, свинокоп-берсерк атакует только в рукопашную. Зачастую, после получения серьёзного урона вооруженный свинокоп бросает оружие и превращается в берсерка.
• Осьмимозг — большой летающий мозг со щупальцами. Напоминает осьминога, поэтому получил свое название. Атакует энергетическими шарами. Прячется в темных местах или под водой. Больше всего октомозгов на уровнях «улей».
• Октакроха — недавно рождённый Осьмимозг ещё не умеющий ничего делать, кроме как бегать и кусаться. В отличие от своей взрослой версии, имеет зрачки.
• Оплодотворитель - маленькое существо, которое атакует плевками спермы.
• Крыса — земная крыса. В обычном состоянии вреда не причиняет, но если Дюк находится в уменьшенном виде крыса становится грозным врагом, способным быстро убить главного героя, однако ее так же легко убить.
• Щупальце — враждебная инопланетная форма жизни которая обычно располагается на стенах «Улья». Атакует заострёнными щупальцами