Дойл убеждает Карвера, найти и спасти Кортез, которая была захвачена Кроу и его наемниками. Спасая Кортез, Карвер сам оказывается пойман Кроу по приказу доктора Кригера, который отмечает находчивость и упорство Карвера и решает, что он — хороший объект для испытания. Карверу вводят сыворотку и доставляют в зону наблюдения, преждевременно очнувшись, он сбегает, и его шокирует то, что он имеет «невероятные способности», такие, как увеличение скорости, ночное зрение, и сильная ручная атака.

Наряду с способностями присутствует имплантат, призванный регулировать эффекты сыворотки и позволяющий специализировать оружие. Дойл командует Карверу найти дорогу к его позиции, чтобы тот удалил имплантат. По пути наёмники пытаются расшифровать КПК Валери Кортез, которая прикрывает Дойла. Карвер спускается в старый подземный бункер времён Второй мировой войны, чтобы остановить расшифровку, но наёмники замечают его при попытке к бегству. Он отступает через старый подземный комплекс и следует по инструкциям Дойла в научно-исследовательский центр. Карвер затем идёт в помещение, где он обнаруживает работы Кригера и мутантов, которых он создал. Также Карвер узнает, что Кроу собирает мутантов с неизвестной целью, и потом он, наконец, встречается с Дойлом, который освобождает его от имплантата. После удаления имплантата, Джек начинает проявлять неконтролируемое развитие, расход адреналина на его способности уменьшается, и он приобретает способности переносить и владеть таким оружием, как станковый пулемет 50 калибра.

После того, как Джек сбегает из исследовательского центра, он обнаруживает, что Кроу захватил Дойла и вколол ему сыворотку, и распустил мутантов участвуя в заговоре с целью предать Кригера. Джек должен бороться с наёмниками Кроу, дикими мутантами и элитной группой спецназа под личным командованием Кригера. Спасая Дойла, Карвер узнаёт, что Кроу вколол себе учетверённую дозу сыворотки. Предполагая, контроль над «альфа»-существами, самыми мощными и умными мутантами со способностями, аналогичными тем, что у Джека, Кроу направился прямо к базе Кригера. Джек следует в убежище доктора Кригера на вершине действующего вулкана, где побеждает физически деформированного Кроу. Кригер, в последней отчаянной попытке использует «альф» против Джека, но понимает, что они рассматривают Джека в качестве своего лидера из-за его победы над Кроу. Мутанты направляются, к доктору Кригеру и убивают его, рассматривая его как угрозу Джеку, и тем самым позволяя ему уйти до того, как начнётся извержение вулкана. Джек может отступить на Блэк-Хоке пилотируемом Кортез и Дойлом, которые обещают заплатить за новую лодку взамен уничтоженной; Дойл также обещает, что они «сделают лучше» и открывает металлический корпус и вертолёт улетает.

Игра включает в себя тонкие тематические элементы, касающиеся опасностей генной инженерии, а также геноцида местных островитян, что можно увидеть, деформированных существ, созданных Кригером. Кроме того, таинственные условия, связанные с динозаврами, раскрываются через игровое радио. Это развитие проявляется в ящеро-подобных животных (которые напоминают мелких динозавров), которые проживают в джунглях на острове.

Ландшафт в игре Far Cry: Instincts сильно варьируется. Ландшафт включает в себя влажные тропические леса, густые джунгли, высокие каньоны, шахты, болота, и даже вулканические леса.