Оперативник и Холидей, преодолевая сопротивление восстановленной армии клонов, пытаются воссоединиться, однако, вскоре после того, как им это удаётся, они сперва сталкиваются с Феттелом, а потом и Холидей погибает страшной смертью от рук странных существ (они швыряли его по комнате, повсюду была его кровь) — мистических порождений Альмы, которые периодически появляются по ходу игры и доставляют немало неприятностей как протагонисту, так и репликантам, которые гибнут целыми отрядами.

После кошмарной гибели Холидея, просившего перед смертью позаботиться о Джин Сун-Квон, Оперативник продолжает путь в одиночку, направляясь в метрополитен. Идя по путям метро он замечает, что клоны перевозят что-то куда-то в больших количествах, однако, что и куда они перевозят, остаётся неизвестным. Несколько раз он находит группы спецназа, видимо, также решившие отходить к точке эвакуации через метро, но спасти никого не удаётся — Оперативник опаздывает на считанные секунды и наседающие со всех сторон клоны успевают уничтожить бойцов Дельты. Видения показывают, как к Джин подходит мрачный призрак пропавшего без вести в первой части игры оперативника F.E.A.R. Янковски и как с ней говорит Феттел, утверждающий, что он не причинит ей вреда, но не может ручаться за свою мать.

Также, в метро впервые имеет место непосредственная помощь Альмы (в детском образе) игроку — она проходит впереди него и превращает отряд клонов в груду кровавого мяса, после чего сообщает ему: «Теперь Ты в безопасности»(в оригинале), «Все в порядке. Не бойся.» (в дубляже).

Добравшись по путям метро до больницы Оберн Мемориал, Оперативник обнаруживает там полный разгром. Трупы спецназа десятками валяются в лужах крови, кровавые потоки стекают по стенам, то и дело встречаются Образы, которые, вероятно, и устроили эту резню (для их нападений свойственны фонтаны крови и поломанная мебель). Джин, единственная выжившая в больнице, периодически связывается с протагонистом по рации, с каждым разом — всё печальнее и нежнее. Она была неравнодушна к Оперативнику, как ясно из первой части игры, ещё до начала основных событий, когда они только познакомились. Надежды даже просто на встречу напоследок всё меньше и меньше, и в последний раз она говорит: «Ты не придешь, да? Я тут умру одна. Я не хочу умирать, слышишь?». Прорываясь через элитные отряды клонов и стаи кошмаров, герой наконец добирается до Джин, но его отвлекает стая призраков, преследовавших учёную. Пока протагонист занят ими, перепуганная девушка скрывается в каком-то телепорте, связывающем цепочку «параллельных миров». Оперативник снова не успевает — из-за козней Альмы он лишь слышит дикий крик и вбегает в залитую кровью комнату, где над телом Джин Сун-Квон парят, стремительно растворяясь в воздухе, три таких же существа, какие убили Холидея.

Силы клонов встречаются заметно реже, а вот видений Альмы становится намного больше, кроме того, представлен целый спектр её разнообразных порождений. Уже прорываясь на крышу к вертолёту, Оперативник сталкивается практически со всеми порождениями, и в итоге после обрыва тросов падая в кабине лифта, ведущего к посадочной площадке, оказывается в холле, забитым трупами и разной нечистью. Последняя глава вообще лишена материальных противников, более того, практически полностью проходит в кошмарах Альмы. Протагонист оказывается в месте, напоминающем ад в варианте Silent Hill — мрачная тюрьма, в камерах которой обречены на страдания погибшие по ходу сюжета люди — Харлан Уэйд, Элис Уэйд, Алдус Бишоп, Билл Моди и доктор, принимавший роды у Альмы. После прохождения по лабиринтам «ада» герой снова оказывается в больнице, кроме того, обнаруживает, что выходит из морга (можно предположить, что формально в этот момент герой воскрес). Следов бойни в больнице больше не наблюдается, как будто протагонист побывал в длительной галлюцинации. Лифт оказывается полностью исправен. В это же время координатор F.E.A.R. обнаруживает ранее пропавший сигнал Оперативника.