События в игре

2015 год. Игра начинается со звонка сенатору. Женский голос докладывает о проблемах с «Источником»: «Бунт. Феттел перехватил управления прототипами». «Армахем Технолоджи» — разработчик вооружения, вело военную программу: армия солдат-клонов, подчинённых командиру, который управляет ими при помощи телепатии. Пакстон Феттел благодаря своим телепатическим способностям берет под контроль батальон солдат-клонов.

К счастью, чтобы остановить восстание, достаточно ликвидировать командира — после этого клоны перестанут действовать и будут абсолютно безопасны. Да и найти Феттела не доставит труда: в его голову вживлён датчик, который выдаёт его местоположение. Защиты у него не будет никакой, одно из условий программы — безопасность командира, он не ведёт бой вместе с остальными солдатами, а лишь управляет ими на значительном расстоянии. Протагонист игры — новый оперативный сотрудник F.E.A.R.

С самого начала игры начинает происходить что-то странное: у героя, который ничего не помнит о своём прошлом, появляются видения и галлюцинации. Он видит чьи-то воспоминания. Неожиданная и неприятная встреча с Феттелом доказывает, что воспоминания телепатировал он, только он и сам не знает, чьи они — «…мои или её…». Феттелу удаётся скрыться, и оперативный сотрудник направляется с элитным отрядом Дельта SFOD-D в порт — следующий пункт, где обнаружен сигнал датчика Феттела, с целью провести разведку и по возможности устранить самого Феттела. Как только оперативный сотрудник на несколько секунд покидает отряд, на бойцов нападает неизвестный противник. Протагонист обнаруживает лишь скелеты в луже крови — всё, что осталось от спецназа. Позже выясняется, что вторая разведгруппа под командованием другого оперативника F.E.A.R. Спенсера Янковски погибла точно так же. Причём останки самого Янковски обнаружить не удаётся, сигнал его личного передатчика периодически появляется поблизости от Оперативника и Феттела, а призрак Спенсера — весь в крови, с выколотыми глазами и мёртво-землистого цвета кожей — часто является своему бывшему напарнику и разговаривает с ним.

Прикрываясь солдатами-клонами, Феттелу удалось скрыться от оперативного сотрудника в порту. Преследуя его, герой попадает в офис компании «Армахем Технолоджи». Там он по крупицам собирает информацию о секретных проектах корпорации и освобождает взятую в заложники Элис Уэйд — дочь учёного Харлана Уэйда, проводившего эксперимент с армией клонов, которая после того, как клоны сбили вертолёт эвакуации, не успевший даже приземлиться, сбегает и едет на машине в «Саркофаг» к своему отцу. Позже выясняется, что программист и охрана «Армахем Технолоджи» пытаются уничтожить все доказательства проведения проекта, но по уцелевшим остаткам информации удаётся узнать, что в эксперименте изначально участвовала девочка с экстрасенсорными способностями по имени Альма, но руководителю проекта был нужен не просто человек-телепат, а рождённый от него. Как говорится в информации, получаемой в ходе игры из ноутбуков, Первый прототип не стал полноценным телепатом, но Второй прототип, Пакстон Феттел, превзошел ожидания. Мать и сыновей безжалостно разлучили. Альма рожала в коме, но во время рождения Первого прототипа внезапно проснулась, рождение Второго прошло без происшествий. Девушку поместили в «Саркофаг» на несколько десятков лет. Когда Феттелу было 10 лет, мать из «Саркофага» взяла его под контроль при помощи телепатии (событие, которое получило название «синхронизация»), и он убил двоих охранников и ранил ещё несколько человек; проект прикрыли, но исследования в «Армахем Технолоджи» продолжались.