Учёный Харлан Уэйд, глубоко сожалея о том, что он сделал десятки лет назад, открыл «Саркофаг», чтобы освободить Альму. Как только он сделал это, она убивает его и вызывает странных существ из потустороннего мира, которые пытаются убить героя.

Оперативник застаёт Феттела, пожирающим дочь учёного Элис, затем переносится в потусторонний мир, в котором Феттел говорит о том, что они оба рождены одной матерью. После этого Феттел предстаёт перед ним сидящим в той самой комнате, где в самом начале игры Альма подчинила его себе, и с интересом смотрит на старшего брата, который, выполняя долг, убивает его. Клоны действительно перестают сопротивляться, но Альма на свободе, а её злость может причинить, мягко говоря, много неприятностей. Чтобы избавить мир от мстительной девочки, нужно уничтожить «Саркофаг», повредив систему предохранителей реактора. Альма нападает на героя в последний раз. И, по правде говоря, она всё время игры ведёт себя довольно мирно по отношению к протагонисту, в то время как всех вокруг него превращает в кровавую кашу. После этого произойдёт взрыв колоссальной силы, поэтому из бункера надо бежать.

Оперативный сотрудник, отбиваясь от роя вызванных Альмой призраков, выбирается из «Саркофага», и уже на выходе он сталкивается лицом к лицу с Альмой. Она, проникает в его воспоминания о рождении: слышен крик женщины «Верни мне сына!». Харлан Уэйд берет новорожденного на руки и говорит «Ты станешь Богом», а после отдает приказ: «Верните её в Саркофаг». Взгляд младенца падает на тянувшую к нему руки женщину, а после и на лежащию на столе папку с надписью «ИСТОЧНИК. ПОДОПЫТНАЯ: АЛЬМА УЭЙД». Альма понимает, что Оперативник и есть её первый ребёнок. Со словами «Мой сын… Я знаю, кто ты…» Альма оставляет протагониста. Он выбирается на поверхность и выживает при взрыве, не получив даже серьёзных ранений. После взрыва его находит и подбирает на вертолёте Джин Сун-Квон и Дуглас Холидей. Во время облёта эпицентра взрыва вертолёт слегка трясёт, после чего внезапно отключается двигатель и на борт забирается Альма. На этом игра заканчивается.

После титров мы слышим телефонный звонок Женевьевы Аристид неизвестному сенатору, в котором она говорит, что секретная база по производству клонов уничтожена, но есть и хорошая новость: Первый Прототип был успешен. И, как герой вспомнил к самому концу игры, он и есть этот самый прототип…

Пасхальные яйца

В игре присутствуют различные пасхальные яйца, среди которых есть отсылки к двум другим играм от Monolith:

• По радио после одного из выпусков новостей транслируют музыкальную тему из Shogo: Mobile Armor Division;
• Ближе к концу игры в разрушенном здании можно найти жёлтую табличку на стене с надписью Condemned (приговорённый, в значении «здание подлежит сносу»), как отсылку к игре Condemned: Criminal Origins, действие которой разворачивается преимущественно в разрушенных и заброшенных зданиях. Примечательно, что Condemned вышла почти через месяц после выхода F.E.A.R.

Кроме того, в игре можно найти другие пасхальные яйца:

• Красный степлер — возможно, как отсылка к фильму Офисное пространство.
• Несколько раз по радио поступают сообщения от некого А. Шепарда, координатора группы спецназа Дельта. Возможно, это отсылка к персонажу компьютерной игры Half-Life: Opposing Force Адриану Шепарду.
• На некоторых уровнях игры можно найти журнал, на обложке которого написано «Event Horizon Found!». Это отсылка к фильму Сквозь горизонт.
• Также на последних уровнях можно найти постер где написано «Project Origin» (в единственном экземпляре). Это является отсылкой к F.E.A.R. 2: Project Origin.
• Ближе к концу игры возле комнаты с неисправной трубой и двумя минами есть помещение с разрисованной доской для бизнес планов и телефоном на полу. Сначала из телефона доносится не переведённая на русский язык речь, а затем звучит песня на японском.