С этого момента город переходит в состояние хаоса. Стив и Сержант приходят в себя в каком-то подземелье. Стив рассказывает, что раньше водил сюда своих детей, что это ходы в метро («Оранжевая линия» из F.E.A.R. Extraction Point), но сейчас ему незнакома обстановка. В какой-то момент Стив попадает ногой в пугало и начинает кричать. Протагонист пытается ему помочь, но Стива сплющивает и от него остается одна рука. Далее протагонист находит Дэвида Райенса, которого они со Стивом считали погибшим. Капитан говорит, что «…клоны опять зашевелились…». И действительно — армии оживших репликантов убили оставшихся живых людей на железнодорожном заводе (тот же завод что и в начале F.E.A.R. Extraction Point), в том числе и отряды «Армахема». Райенс дает Сержанту указания как найти Моррисона и вскоре протагонист его находит в клетке. Моррисон рассказывает про Альму и «Источник» и соглашается показать дорогу к острову, где находится полигон «Персея». Райенс дает протагонисту четкое указание: «Если попытается бежать — пристрели!» Протагонист и Моррисон приходят к секретному лифту, по которому должны спустится, но тут появляется Пакстон Феттел с фразой «…не думал что ты сможешь. Ты напоминаешь мне брата…».

Моррисон и Сержант спускаются вниз, и наталкиваются на Альму. Полтергейстом Альма подкидывает грузовик и давит им Моррисона. Перед смертью Гэйвин рассказал о хранилище, в котором выращивали репликантов. Протагонист идет туда спускается в хранилище. Там он встречает Феттела, который рассказывает ему о нелегких семейных отношениях со своим старшим братом. В то самое время капитан Райенс прибывает на остров. В хранилище, Сержант настигает командира «Ночных», который нашел ДНК Альмы. Командир убегает. Сержанту удается загнать командира в ловушку и убить. Забрав ДНК, протагонист поднимается на поверхность и встречает капитана. Вместе они пробиваются к вертолету. Протагонист садится в вертушку и видит призрака Стива Чена, сидящего прямо перед ним. В этот момент капитан Райенс говорит: «Нам нужен будет новый лейтенант. Думаю Чен хотел бы чтобы им был ты…». Призрак растворяется и на этом игра заканчивается.

После титров мы видим как в кабинет сенатора наёмники приносят капсулу с ДНК Феттела.

Последующие события

«Perseus Mandate», как и «Extraction Point», не является каноничным дополнением, поэтому сиквелы «F.E.A.R. 2: Project Origin» и «F.E.A.R. 3» игнорируют все его события.

Оружие

• V7 Advanced Rifle — штурмовая винтовка с инфракрасным прицелом, позволяющим вести огонь на дальней дистанции. Имеет сильную отдачу.
• K3-BT Grenade Launcher — гранатомет, стреляющий круглыми минами. При попадании в противника заряд взрывается сразу или спустя одну-две секунды.
• Lightning Arc Weapon — энергетическое оружие, стреляющее электрическими зарядами. Мощное оружие, при точном попадании отлично пробивающее защиту бронированного пехотинца.

Противники

Противники теже,клоны,АТС,образы (все 2 вида,образы обладающие телекинезом и просто образы.)

Но есть новые,наёмники Ночные,

Интересные факты

• В F.E.A.R. Extraction Point в одном из уровней был вход в метро с горящим самолетом. В F.E.A.R. Perseus Mandate это выход. Также в метро коридор, где в оригинальной игре герой видит Альму, в дополнении загорожен ящиками.
• По выходу с Сержантом по рации связывается Девид Рейнс, который рад тому, что герой жив, и заявляет, что судя по всему, при взрыве никто больше не выжил, а ведь в офисах «Армахема» были его ребята. Видимо, довольно прозрачный намёк на события из F.E.A.R. 2: Project Origin.
• Возможно, что главный герой это сержант Маркус Редфорд, имя которого упоминается как отсылка в файлах «Парагона», солдат, который участвовал в «Предвестнике», но результат остался неизвестен
• Сержант в некотором роде превосходит Оперативника. Имеется тот же "режим замедления", но галлюцинации Сержанта имеют другую структуру. В некоторых галлюцинациях ему открывается то, что должно произойти позже. Например смерть Стива Чена, Сержант увидел еще в начале игры, как и место где ему предстояло встретиться с Пакстоном Феттелом
• В F.E.A.R. Perseus Mandate появится так же и погибший Спенсер Янковский в виде призрака к главному герою. В принципе его появление не несет смысловой нагрузки, не считая предупреждения, которое Спен даст протагонисту. Скорее всего это, по сути, отсылка к оригинальной F.E.A.R.
• Во втором эпизоде протагонист и его напарники встретят Джимма Пассалакву и его отряд. Появление Пассалаквы является невозможным, так как он погиб в оригинальной игре.
• Когда Стив замечает Альму, он говорит: «Здесь маленькая девочка без сопровождении взрослых... Стоп! Она же только что была здесь!». Похожую фразу произносит Джин Сун-Квон в бета-версии оригинальной F.E.A.R.В метро сержант и Чен тоже видят Альму Чен говорит <на инструктаже об этом не чего не говорили>
• Намёк на Альму даёт Бристоль "вы хотите повторить поцес когда вам нужна она,но вы её не найдёте надеюсь что не найдёте"