• Графика, по сравнению с версией для WonderSwan Color, улучшилась, хотя и не слишком значительно. Общий вид остался таким же, но увеличилось количество цветов и разрешение, в эффекты заклинаний добавилась прозрачность, для перехода к битве была нарисована специальная анимация, а при полёте на воздушном корабле карта показывалась в перспективе. В игру были вставлены FMV-видеоролики, нарисованные специально для этой версии.
• Под возможности новой платформы подведено и звуковое оформление — качество мелодий было улучшено и добавилась пара новых треков. Отдельная тема для меню персонажей ушла в прошлое, теперь там звучала та же музыка, что и на локации, только тише.
• В английской версии все диалоги были заново переведены, названия монстров и заклинаний больше соответствовали оригиналу, а имена персонажей могли включать до 6-и символов. В японской версии в диалогах появились кандзи.
• Смена формата с картриджа на CD-ROM добавила небольшие паузы для загрузки локаций. Сохранение игры занимало один слот, соответственно, на карте памяти вмещалось до пятнадцати сохранений. На замену быстрого сохранения была добавлена функция memo save, позволяющая сохранять игру во внутреннюю память консоли где угодно (кроме битв), но это сохранение исчезает при выключении PlayStation.
• Также было внесено множество мелких добавлений и изменений: поддержка вибрации, «мягкая» перезагрузка (L1+R1+L2+R2+Start+Select) и прочее. Раздел бонусов (галерея с рисунками и бестиарий) пополнялся по мере прохождения, для сбора всех нужно было пройти игру два раза. Появился лёгкий режим, в котором быстрее растут опыт и характеристики, а также снижены цены в магазинах.
• Европейская версия была медленнее прочих на 16.7 %, а избражение сжато сверху и снизу из-за особенностей формата PAL.

GameBoy Advance

Довольно много изменений содержит и релиз для GameBoy Advance, который является частью Final Fantasy I & II: Dawn of Souls.

• Уровень сложности стал схож с «лёгким режимом» («Easy Mode») в Final Fantasy Origins. Но в отличие от неё, в версии для GBA нет возможности выбрать более сложный режим. Перенаправление «неэффективных» ударов, которое было опционально в WSC, стало обязательным.

• Графика более-менее идентична версии на WSC, однако экран GBA имеет большее разрешение, и некоторые моменты (например полёт на дирижабле) выглядят лучше.

• Поуровневая система магии была заменена на используемую в более поздних частях серии MP-систему.

• Появилось много новых предметов. Лечащие предметы теперь более доступны и стоят дешевле. Партия начинает игру с 500 gil вместо 400 gil, как в предшествующих версиях.

• Нет галереи с рисунками и коллекции предметов из версии для PlayStation, но бестиарий остался. Определённые классы модифицированы: Вор и Монах стали более мощными, а Красный Маг — слабее. Рост характеристик изменён, и Интеллект теперь влияет на урон, наносимый магическим оружием.

• Игру можно сохранить в любое время и в любом месте (за исключением боя). Доступно три слота сохранения; старые записи можно удалить, лишь перезаписав их.

• Поскольку введённые изменения облегчают бой, увеличились НР у многих монстров и боссов. Добавлены четыре новых подземелья по количеству «Стражей Хаоса» («Fiends of Chaos»), которые становятся доступными лишь после победы над соответствующим Стражем. Эти подземелья довольно трудные и в них находятся вещи и монстры, которых нельзя встретить в другом месте. В конце каждого подземелья, присутствуют боссы из последующих игр серии: от Final Fantasy III до Final Fantasy VI.