• система прокачки персонажей кардинально изменена;
• появляется возможность в любой момент сохраняться на карте мира;
• появляется достаточно явно очерченный сюжет, есть простенькая система диалогов, которая в первой части отсутствовала;
• всю магию в Final Fantasy II можно применить как и на себе, так и на врагах; то же самое относится и к оружию — можно атаковать себя (с целью повышения характеристики HP, например);
• стабильных персонажей в команде — 3, четвёртый персонаж постоянно меняется в процессе игры;
• стоимость отдыха в гостинице теперь рассчитывается по формуле: потери НР/4 + потери МР.
• инвентарь по сравнению с первой частью игры уменьшен, предметы не «складываются» (то есть 2 эликсира будут считаться как 2 предмета в инвентаре, занимаюшие отдельный слот), у каждого персонажа теперь есть 2 слота, в которые можно положить зелья или оружие для использования или переэкипировки в бою;
• магазин чёрной и белой магии объединен в один магазин;
• ряд других изменений.

Система развития персонажей

В Final Fantasy II нет системы набора опыта и уровней в стандартном её понимании. Характеристики персонажей повышаются и понижаются в соответствии с тем, что персонаж делает: например, частое применение чёрной магии персонажем приводит к повышению характеристики INT и понижению физической силы STR; количество HP растет в соответствии с тем, насколько часто и много персонаж получает урон; MP и M.Pwr «растут», если часто использовать магию и «сливать» MP до нуля, и т. д. Уровень владения оружием повышается примерно по той же схеме — чем чаще атакуем определенным типом оружия — тем выше уровень владения им и количество ударов, которое можно нанести в бою этим видом оружия (это количество равно уровню владения оружием, то есть уровень владения оружием 7 — максимальное возможное количество ударов за 1 ход так же будет равно семи). Предельный уровень владения оружием — 15 (в бою с помощью магии Haste можно повысить количество ударов до 20), а для перехода с одного уровня владения оружием на другой необходимо сделать 50-100 ударов им. Раскачка магии происходит точно так же: используем магию 50-100 раз для повышения её уровня, предельный уровень «прокачки» магии равен 16.

Экипировка

В Final Fantasy II введено немалое количество новых видов оружия и брони. Список брони и оружия несущественно различается между версиями FFII для разных консолей.

Виды оружия:

• Мечи (Blood, Broad, Long, Mithril, Ancient, Winged, Sleep, Earth, Flame, Ice, Defense, Sun, Excalibur, Masamune). Самые точные и самые сильные оружия, более того, топовые мечи Экскалибур и Масамун являются вообще самыми сильным оружиями в игре.
• Луки (Bow, Long, Mithril, Blind, Flame, Ice, Yoichi). Обладают средней силой, зато луком можно стрелять с заднего ряда в команде. Вместе с луком невозможно экипировать щит или второе оружие, несмотря на то, что слот остается свободным.
• Секиры (Axe, Battle, Mithril, Demon, Ogre, Poison, Rune). Обладают хорошей силой и не самой высокой точностью.
• Жезлы (Cane, Mace, Mithril, Magic, Power, Evil, Greed, Diamond). Хороши при использовании в качестве вещей, обладают средней силой и очень маленьким штрафом на INT/SOUL.
• Копья (Javelin, Spear, Mithril, Trident, Demon, Flame, Ice, Bolt, Holy).
• Кинжалы (Knife, Dagger, Mithril, Maingouche, Orihalcon, Ripper, Catclaw). Обладают низкой силой и низким штрафом на INT/SOUL.
• Щиты (Buckler, Bronze, Mithril, Gold, Ice, Flame, Diamond, Dragon, Aegis). Как ни странно, щиты так же относятся к оружиям (в первой части Final Fantasy они относились именно к броне), вместе с уровнем владения щитом растет уворот персонажа.
• Кулаки. Достаточно любопытный «вид оружия». С каждым повышением уровня владения кулаками к физической атаке персонажа прибавляется 8 единиц силы, более того, шанс нанести критический удар увеличен.