Затем последовал порт для портативного устройства Game Boy Advance, тоже выполненный компанией Tose — эта портативная версия вышла во всех регионах в 2005 и 2006 годах под названием Final Fantasy IV Advance. В Японии также распространялось ограниченное издание в комплекте с консолью Game Boy Micro, на лицевой стороне которой были изображены персонажи Сесил и Каин. Графика стала ещё лучше, незначительные изменения коснулись музыкального ряда. Команда локализаторов полностью переработала английский перевод, существенно расширив сюжетную составляющую и восстановив некоторые ранее утраченные детали повествования. Название уникальных способностей и заклинаний были приведены в соответствие с японским оригиналом, например, магия «Bolt2» вернулась к изначальному варианту «Thundara». Добавились новые подземелья с редкими образцами оружия и доспехов, где, кроме всего прочего, можно сразиться с самыми сильными в игре монстрами.

В 2007 году к двадцатилетию серии Final Fantasy игру переделали с полностью трёхмерной графикой и выпустили для карманной консоли Nintendo DS. Кроме полигонального окружения эта версия получила ещё несколько примечательных новшеств, в числе которых голосовое озвучивание действующих лиц, дополнительные мини-игры, незначительные изменения в геймплее. За разработку ответственна компания Matrix Software, ранее занимавшаяся созданием аналогичного ремейка Final Fantasy III, причём командой разработчиков руководили люди из оригинального состава авторов: Такаси Токита взял на себя роль исполнительного директора и режиссёра, продюсером выступил Томоя Асано, дизайн сражений выполнил Хироюки Ито. Существенно преобразованные кат-сцены сюжетных событий спланировал аниматор Канада, музыку переписали композиторы Накано и Фукуи.

Оригинальная версия с августа 2009 года стала доступной для скачивания через сервис Virtual Console для последующей игры на приставке Wii, в 2010 году появились такие же версии для Северной Америки и PAL-региона. Одновременно с этим в продажу поступила версия, предназначенная для мобильных телефонов с поддержкой технологии i-mode. Все нововведения, добавленные в предыдущие релизы, присутствуют и здесь, кроме того, игрокам доступно новое эксклюзивное подземелье, открывающееся после полного прохождения сюжетной части игры. В 2011 году была выпущена четвёртая часть на карманную консоль PlayStation Portable в составе сборника Final Fantasy IV: Complete Collection, где игра представлена вместе со своим продолжением Final Fantasy IV: The After Years, а также с дополнительными короткими эпизодами показывающими события произошедшие сразу после окончания оригинальной Final Fantasy IV и создающие более плавный переход к The After Years. Графика в Complete Collection двухмерная, хотя все текстуры перерисованы в более высоком разрешении; музыка переаранжирована с добавлением нескольких новых мелодий (также в игре присутствует возможность выбора оригинального 8-битного саундтрека), аранжировкой саундтрека занимался композитор Хамаудзу.

Продажи и отзывы