Повстанцы понимают, что пришло время нанести удар по Империи. Терра пытается наладить контакт с другими эсперами и заручиться их поддержкой — узнав о своих замученных собратьях, волшебные создания приходят в ярость и уничтожают бо́льшую часть континента Вектор. Не ожидавший такого мощного нападения император Гашталь призывает к мирному соглашению, приглашает оппозиционеров во дворец на переговоры и просит Терру успокоить разбушевавшихся эсперов; та соглашается. В сопровождении Локк, Шэдоу (нанятого империей ниндзя), генералов Целес и Лео девушка следует в деревню Тамаса, где к отряду присоединяются старик Страго Магус и его внучка Релм Арроуни. Вскоре герои находят эсперов, и Терра предлагает им пойти на перемирие с Империей, однако переговоры прерывает Кефка, вместе со своей армией он убивает всех встречных эсперов и забирает оставшиеся от них магициты. «Возвращающие» понимают, что мирные намерения императора были лишь уловкой с целью завладеть могущественными камнями. С помощью полученных магицитов Кефка и Гашталь открывают портал в мир эсперов, чтобы получить силу легендарной Непримиримой троицы, персонажи пытаются им помешать, но неудачно. Обезумевший Кефка убивает Гашталя и двигает окаменелые статуи Троицы, тем самым нарушая мировой баланс магической силы и провоцируя чудовищные разрушения на поверхности планеты. Перед надвигающейся катастрофой героям удаётся спастись на воздушном корабле Сетцера.

Спустя один год Целес приходит в сознание на уединённом острове и понимает, что почти весь мир был уничтожен Кефкой, большинство людей погибло, а оставшиеся влачат жалкий образ жизни. Девушка отправляется на поиски остальных членов команды, путешествуя в разные части света и выполняя опасные задания, она находит всех членов отряда, а также рекрутирует двух новых — Умаро и Гого. Воссоединившись, герои предпринимают попытку ещё одного нападения на логово Империи, с помощью нового воздушного корабля они попадают в башню Кефки и разрушают три статуи, которые по преданию являются источником всей магии мира. Разрушение статуй, тем не менее, не даёт никакого эффекта, становится ясно, что Кефка уже извлёк из них всю силу и сам стал таким источником. В последнем сражении герои убивают окончательно обезумевшего злодея, магия исчезает, и башня начинает рушиться. Терра же, будучи наполовину эспером и наполовину человеком, сохраняет силу и спасает своих друзей — в последних сценах игры герои наблюдают возрождение измученного мира.

Разработка

Графика

Амано, главный художник предыдущих Final Fantasy, снова выступил в роли иллюстратора и дизайнера персонажей. Амано выполнил для программистов черновые концептуальные наброски, а те, учитывая технические ограничения консоли, перевели их в спрайты. Некоторые первоначальные рисунки в ходе коллективного обсуждения были изменены, например, русые волосы Тэрры Брэнфорд стали зелёными, почти полностью изменился внешний вид Целес Шир. Художник, кроме того, разработал логотип игры, на котором изобразил главную героиню, сидящую внутри механического устройства «магитех». За графическую составляющую отвечали также Такахаси (шеф-редактор), Хидэо Минаба (прорисовка фоновых изображений), Кадзуко Сибуя (прорисовка объектов) и Номура (дизайн некоторых персонажей). Видеоролики с использованием технологии FMV, включённые в переиздание игры для PlayStation, были выполнены в соответствии с изначальными иллюстрациями Амано.